أثار افتتاح المرحلة الأولى لتطوير محطة سكك حديد مصر، الكثير من الجدل بين الأوساط المعمارية المهتمة بالمحافظة على التراث التاريخى المعمارى لمصر. وحمل الكثيرون الجهاز القومى للتنسيق الحضارى مسئولية ما حدث وتقاعسه عن متابعة ما يجرى فى عملية التطوير التى تكلفت حتى الآن 170 مليون جنيه. وقد دافعت د. سهير حواس رئيس الإدارة المركزية للدراسات والبحوث بالجهاز القومى للتنسيق الحضارى على موقع «بناة» قائلة لقد بدأ مشوار الجهاز لحماية محطة مصر فى عام 2007 وكان واضحاً منذ تكليف المكتب الاستشارى بهندسة الإسكندرية بعمل مشروع لتطوير ورفع كفاءة محطة مصر التاريخية المسجلة فى قوائم المبانى التراثية طبقاً للقانون 144 لسنة .2006 وكان قد تم تغيير معالم واجهة المحطة أثناء التطوير وإنشاء محلات عليها وقد تم إيقاف هذه الأعمال والالتزام بإعادة الواجهة إلى ما كانت عليه وبذلك تجنبنا نصف الكارثة والحمد لله. أما ما تم داخل المحطة فلم تكن هناك رسومات للأعمال الديكورية الداخلية وقد عانى مهندسو الجهاز كثيراً عند محاولة تسجيل وتصوير الأعمال التى تتم. كما استنكر المهندس المعمارى محمد فؤاد ما حدث داخل محطة مصر والذى حولها من مبنى أثرى تاريخى يزيد عمره على 110 أعوام إلى طبق سلطة» اختلطت فيه كل الطرز المعمارية من (فرعونى مودرنيزم هاى تك أبلق مملوكى أندلسى خط عثمانلى لوفر مشروم لويدرايت) مع الكثير من الزخارف الفرعونية والإسلامية لإرضاء جميع الأذواق.