أقام المهندس حمدى الفخرانى عضو مجلس الشعب دعوى قضائية رقم (94323) أمام محكمة القضاء الإدارى ومحمد صبرى أستاذ الكيمياء بجامعة النيل.. ضد رئيس مجلس الوزراء ووزير التعليم العالى ورئيس مجلس إدارة المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجى ورئيس مجلس إدارة هيئة المجتمعات العمرانية الجديد.. بخصوص نقل الإشراف الإدارى على أرض ومبانى وتجهيزات وتبرعات جامعة النيل إلى صندوق تطوير التعليم ، واستخدام مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا للمبانى ، والمنشآت المقامة على الأراضى التى خصصت من هيئة المجتمعات العمرانية لوزارة الاتصالات لبناء الجامعة عليها..
أكد السعيد فى دعواه أنه لا يوجد أى سند قانونى ، مشيرا إلى أن حسن إدارة البلاد كان يوجب الإبقاء على جامعة النيل ككيان اكتمل وعمل أعطى ثماره.. وحفلت عريضة الدعوى بأدلة دامغة على عدم مشروعية ما تم اتخاذه حيال جامعة النيل فى عهدى الفريق أحمد شفيق والدكتور عصام شرف..