حالة من الصراع والتنافس بين نشطاء مركز ابن خلدون فجرها مشروع التحالف المصري لمراقبة انتخابات الشعب الذي ينفذه المركز حاليا بتمويل مزدوج من مؤسسة المستقبل الأردنية ومبادرة الشراكة الشرق أوسطية المعروفة ب«ME PI» بعدما فاجأ عبدالله شلبي أستاذ علم الاجتماع ومدير المشروع أحمد رزق المدير التنفيذي للمركز باعتذاره عن استكمال إدارته للمشروع نظرًا لسفره المفاجئ للعمل في السعودية الأمر الذي دفع أعضاء المركز إلي عمل استطلاع للرأي لاختيار مدير جديد من بين نواب المشروع وهم سمير فاضل أستاذ التاريخ وشعبان أحمد الباحث بالمركز وحسن الشامي مدير دار ابن خلدون ورئيس الجمعية المصرية للتنمية التكنولوجية علمًا بأن مدير المشروع يتلقي أجرًا مميزًا بالمقارنة مع باقي طاقم المدربين والباحثين. واللافت أن ابن خلدون استعان بجمعيات ليس لها أدني علاقة بالرقابة علي انتخابات الشعب المقبلة من بينها جمعيات ثقافية وبيئية مثل جمعية المصريين الثقافية بالدقهلية والتابعة لفرع الجمعية بالمقطم برئاسة الناشط مكسيموس وجمعية شراع للحفاظ علي التراث والفنون والبيئة وجمعية الضمير وجمعية بيت الحرية وغيرها.