بدأت سياسات الدكتور علي زين العابدين وزير النقل لتسيير العمل بالوزارة تتضح تدريجيا حيث يركز زين العابدين علي تأهيل الكوادر الشابة للمشاركة في إدارة القطاعات المختلفة بالوزارة، انعكس ذلك في قراراته الأخيرة والمتعلقة بمنهج العمل حيث قام الوزير بإلغاء 3 قرارات للوزير السابق المهندس عاطف عبدالحميد تؤكد تباين التفكير في منهج العمل بالوزارة. قرر زين العابدين إلغاء مجلس الوزير الذي يضم رؤساء جميع الهيئات والشركات التابعة للوزارة والمستشار القانوني ومستشار الوزير للنقل البحري وشئون الشركات والهيئات والذي كان يهدف لتحقيق التكامل والتنسيق بين جميع المشروعات في قطاعات النقل المختلفة ودعم التعاون بين الهيئات وتعظيم الاستفادة من الامكانيات المتاحة. كما قرر الوزير إلغاء قرار عبدالحميد بتعيين اللواء توفيق أبوجندية مشرفا عاما علي مكتب الوزير وكشفت مصادر أن المرشح لهذا الموقع هو محمد عبدالصبور أحد العاملين بهيئة التعاون الدولي بالوزارة باعتباره من الكوادر الشابة، كما ألغي الوزير لجنة المستشارين القانونيين التي شكلها الوزير الساق بهدف بحث جميع المشكلات التي تواجه المستثمرين ودراسة الوضع القانوني لمختلف مشروعات النقل الجاري العمل بها وتوضيح الايجابيات والسلبيات بها. ومن جانبه أكد الوزير في تصريحات خاصة حول تلك القرارات أنها تعد خطوة في طريق ترتيب البيت بالوزارة من الداخل، مؤكدا أنه بالنسبة للجنة المستشارين ومجلس الوزير سيتم اعادة تشكيله ولكن بالشكل الذي يتلاءم مع متطلبات ومستجدات المرحلة الحالية.