يواجه المجلس القومي لحقوق الإنسان أزمة شرسة حالياً بسبب عدم استجابة محافظ الجيزة لتسليم المقر المخصص له من قبل المجلس العسكري والكائن بمقر مبني الأمانة العامة للحزب الوطني المنحل في محافظة الجيزة. وقال محمد فايق نائب رئيس المجلس ل«روزاليوسف»: إن المرحلة الراهنة تستوجب تواجد المجلس القومي بشكل فعال في الأحداث الجارية خلال المرحلة الراهنة، مستطرداً: لابد من الاستجابة السريعة لمطالبنا في الحصول علي المقر المخصص لنا. وأضاف فايق: إن المجلس القومي قد تبادل الخطابات والمذكرات مع مكتب محافظ الجيزة لاستعجال عملية تسليم المقر إلا أن الأمر قد تعطل بسبب الروتين. لافتاً إلي الصعوبات التي يواجهها المجلس حالياً عند التفكير في عقد أي اجتماع حيث يتطلب ذلك في كل مرة تجهيز مكان سواء في مقر مجلس الشوري أو النادي الدبلوماسي مبدياً اندهاشه من عدم مساندة د.علي عبدالرحمن محافظ الجيزة لقضية المجلس. واللافت هو حصول المجالس القومية المتخصصة علي مقرها الكائن بمبني الأمانة العامة للحزب الوطني في مصر الجديدة بالمقارنة مع المجلس القومي لحقوق الإنسان رغم أنه كان قراراً واحداً صدر من قبل المجلس العسكري.