صرح المتحدث الرسمي باسم وزارة الصحة الدكتور خالد مجاهد "أن مركز النديم قد تم استصدار ترخيص له باعتباره «عيادة مشتركة نفسية وعصبية» من الإدارة المركزية للمؤسسات العلاجية غير الحكومية والترخيص بوزارة الصحة عام 2003″، على حد قوله. وأضاف الدكتور خالد مجاهد "أنه لوحظ منذ فترة تحول مركز النديم قامت إلى مركز تأهيل لضحايا العنف دون طلب تغيير الترخيص الممنوح لها في مخالفة قانونية صريحة للمادة 13 من القانون رقم 153 لسنة 2004″. ونوه المتحدث الرسمي باسم وزارة الصحة "أن العيادة ارتكبت مخالفتين، الأولي هي تغيير المسمى من عيادة إلى مركز، حيث أن التراخيص الخاصة بكل حالة تختلف عن الأخري، والثانية تغيير النشاط من نشاط طبي إلى نشاط حقوقي وهو الأمر الذي اقتضي إغلاق المنشأة وفقا للقانون رقم 153 لسنة 2004 والذي ينص على سحب ترخيص أي منشأة طبية تخالف الشروط التي حصلت بموجبها علي الترخيص ومن أبرزها تغيير النشاط". وأوضح المتحدث باسم وزارة الصحة "أنه قد تم إخطار العيادة وتوجيه إنذار لها لتصحيح هذا الوضع، إلا أن المهلة انتهت دون أن يتم تصحيح الأمر مما ترتب عليه إصدار القرار السالف ذكره". وأشار إلى "أنه إذا كان هناك رغبة لدي المركز في تسجيل نفسه كمنظمة حقوقية فمن حقه اللجوء إلي الإجراءات القانونية المنظمة لعمل تلك المنظمات وعدم التحايل أو الالتفاف علي تلك القواعد".