أثارت تصريحات المفكر الإسلامي د. محمد سليم العوا ضد الكنيسة ردود فعل متباينة بين علماء الأزهر. فقد رفض د. أحمد السايح أستاذ العقيدة بجامعة الأزهر تصريحات العوا، مؤكدًا أن اتهام العوا للكنيسة لا يوجد دليل عليه، فضلاً عن أن أدق التفاصيل في يد الأجهزة الأمنية، وبالتالي لا ينبغي أن تثار مثل هذه القضايا في الوقت الحالي لأنها تؤدي إلي إثارة الفتنة، وبالتالي لا ينبغي أن تقال لأن مصر واحة أمن وأمان. ولفت السايح إلي أن مفهوم المواطنة ترسخ بشكل قوي بين المصريين، وهذا يدلل علي أن تصريحات العوا غير مسئولة، وليست في محلها. وقال السايح: ينبغي علي المسلمين والمسيحيين أن يترفعوا عن صغائر الأمور ويخرجوا رافعين القرآن والإنجيل والتوراة في مظاهرة حب للرد علي حرق المصحف في أمريكا. بينما طالب د. عبدالمعطي بيومي عضو مجمع البحوث الإسلامية جميع الأطراف أن تكف عن إثارة الفتنة، ويجب أن يعمل الجميع علي مد جسور التواصل وتفعيل المواطنة. وأشار بيومي إلي أن تصريحات العوا تأتي كرد فعل علي ما ذهب إليه الأنبا بيشوي، مؤكدًا أن العوا تطرق إلي مسألة وجود أسلحة في الكنائس، وهذه معلومة يسأل عنها قائلها، بالإضافة إلي أن العوا تطرق إلي أن الكنيسة أخفت كلاً من كاميليا شحاتة ووفاء قسطنطين، رغم ما ثبت من أن وفاء أشهرت إسلامها، فكيف تأخذها الكنيسة. وقال بيومي: الأخطر من هذا ما تطرق له العوا من وجود وثائق وملفات تؤكد ذلك وسيتم رفعها للمحاكم. أما تصريحات الأنبا بيشوي سكرتير البابا شنودة عن أن المسلمين ضيوف علي المسيحيين في مصر، فهذا كلام غير مسئول ومجرد تزييف للتاريخ، ولا أساس له من الصحة، وبالتالي يجب أن تسكت كل الأطراف، فالفتنة نائمة ولعن الله من أيقظها.