بعد أقل من ثلاثة أشهر علي خمود فتنة كتاب "فتنة التكفير" الذي اعتبره الأقباط مسيئا للمسيحية ومحرضا علي قتل الأقباط، عاد الكاتب الإسلامي الدكتور محمد عمارة إلي بؤرة الأحداث من جديد، بعد أن قرر المستشار نجيب جبرائيل مدير مركز الاتحاد المصري لحقوق الإنسان تقديم بلاغ لوزير الإعلام ورئيس القناة الثقافية لسماحهما بظهور "عمارة" علي شاشة القناة وإدلائه بتصريحات عنيفة ضد البابا شنودة اتهمه خلالها بأنه مسئول عن إشعال الفتنة الطائفية في مصر. كان "عمارة" قد أدلي بتصريحاته الهجومية خلال حلقة من برنامج "دفاتر قديمة" وقال فيها :"إن البابا شنودة يعمل جاهدا علي تأجيج الفتنة الطائفية"، وردا علي ذلك قال جبرائيل إنه يستغرب أن يتم توجيه الاتهام للبابا شنودة من جانب عمارة الذي يعتبر أول من أشعل نار الفتنة الطائفية بكتاباته المحرضة علي التكفير ونزع حقوق المواطنة عن المسيحيين. وأضاف جبرائيل أنه سيطلب من وزير الإعلام تخصيص مساحة تليفزيونية للرد علي ادعاءات "عمارة" لأنه لا يكفي أن يكون الرد من خلال الدعاوي القضائية أو الصحف. ومن جانبه تساءل القمص مرقص عزيز كاهن الكنيسة المعلقة بمصر القديمة: ماذا فعل البابا شنودة حتي يتهجم عليه "عمارة" في كل مناسبة؟ كان الأجدر به البحث عن الأسباب التي دعت لاندلاع الأحداث الطائفية، وأن يوجه من قاموا بها للطريق الصواب بدلا من صب الزيت علي النار بكتاباته وكتبه التي كانت سببا في إشعال النفوس ومنها كتاب "فتنة التكفير" الذي يعتبر حسب قول عزيز سببا رئيسيا في أحداث قرية "بمها" بالعياط ضمن مخطط حربه الشرسة ضد المسيحيين. وأضاف عزيز أنه سينضم للدعوي التي سيقيمها جبرائيل، خاصة أن "عمارة" حتي الآن لم يعتذر عما ورد بكتابه "فتنة التكفير"، حول فكرة إباحة دم المسيحيين. وفي اتصال هاتفي ل "نهضة مصر" مع الأنبا مرقص مطران شبرا الخيمة والمتحدث باسم البابا اكتفي بالرد "لا تعليق"، لكن الموقف الرسمي للكنيسة لم يمنع مرقص عزيز من قوله: "سنسير في كل الطرق حتي لا تضيع حقوق الأقباط مثلما تساهلنا فيها بالماضي". مشيرا إلي أن "البابا شنودة عملاق يحتمل ما لا يحتمله أحد لذلك فهو يصبر كثيرا، ولكننا لسنا في قوة البابا ولا نستطيع أن نتحمل ما يتحمله من تهجم علي شخصه".