رفض رجال الدين المسيحي والعلماء والباحثون في اللاهوت ما يسمي بإنجيل يهوذا الإسخريوطي والذي أثار الإعلان عن اكتشافه جدلاً كبيراً. علي أساس أن تاريخه يأتي بعد عشرات السنين من صعود السيد المسيح كما طعن رجال اللاهوت في أسلوب كتابة هذا الانجيل بطريقة مغايرة تماماً لما هو موجود في الأناجيل الأربعة وأنه لا يخرج عن كونه نصاً مدسوساً، ومثله هناك أناجيل أخري مزيفة قال إن من بينها إنجيل برنابا وإنجيل المجدلية. وتعليقاً علي ذلك قال القس مرقس عزيز كاهن الكنيسة المعلقة "إذا كانت الوثيقة تعود لعصر السيد المسيح فلا يمكن أن يكون يهوذا الاسخريوطي هو كاتبها لأنه لم يكن لديه متسع من الوقت لكتابة أي شيء حيث قاد "يهوذا" جماعة من حرس المعبد اليهودي إلي مكان تواجد المسيح في بلده "جات شمنيم" وعلي الفور ذهب ليشنق نفسه حسب روايات الأناجيل المعتمدة.