هناك خلاف دائم بين النقابات العمالية العامة والمستقلة ....فالنقابات العامة تؤكد علي عدم لشرعية اي نقابة ليس مشكلة بعيدا عن الاتحاد العام لنقابات عمال مصر ...والمستقلة تنتقد اداء مجلس إدارة الاتحاد العام ، في مساندة العمال والدفاع عنهم ويقتصر دورة الاتحاد علي اصدار بيانات الشجب او المؤازرة ، وزادات حدة الانتقاد مع حلول موعد انتخابات الاتحاد العام لنقابات عمال مصر بعد انتهاء مدة التجديد التي حددتها الدولة نظرا لصعوبة اجراء الانتخابات عقب ثورة 25 يناير وانتهاء المدة المحدد لدورة المجلس آن ذاك ، وكذا موعد الجمعيات العمومية .. وأكدت قيادات بالنقابات العمالية المستقلة علي عدم شرعية الاتحاد الذي تم حله بقرار محكمة اثناء حكومة عصام شرف .. وأكدت مايسة عطوة امينة المراة بالاتحاد العام للعمال مصرعلي أهمية عقد الجمعيات العمومية علي مستوي كل النقابات قبل يوم 27\5\2015 وذلك لاعتماد ميزانيات النقابات ، ومن جانبة أكد محمد وهب الله، الأمين العام لاتحاد نقابات عمال مصر، أن الجمعيات العمومية للنقابات العامة المقرر إجراؤها قبل 27 مايو الجاري، لن تتطرق إلى تغيير مجالس إدارات النقابات العامة، مؤكدا علي أن تشكيلات مجلس الإدارة ستظل كما هي دون أي تغيير...وأوضح "وهب الله"، أن الهدف من عقد الجمعيات العمومية التي تأتي قبيل انتهاء الدورة النقابية المقرر انتهاؤها في 27 مايو الجاري، هو ترتيب البيت من الداخل، من خلال اعتماد الميزانيات العامة وخطط العمل المستقبلية، وسبل مواجهة المشكلات التي تواجه العمال في كل قطاع ، وقال وهب الله أن مجلس الوزراء قرر الشهر الماضي مد الدورة النقابية للمرة الخامسة على التوالي لحين صدور قانون النقابات العمالية الذي تجري عن طريقه الانتخابات العمالية وانتقد مجدي سالم رئيس مجلس اداره النقابه المستقله للعاملين بجامعه حلوان استمرار مجلس ادارة الاتحاد العام بتشكيلة الحالي علي الرغم من صدور حكم محكمة بحل المجلس .. اما مالك بيومي رئيس الاتحاد المصري للنقابات المستقلة وامينه العام فيقول هناك إنقسام داخل الإتحاد مطالب بتشكيل لجنة إدارية عاجلة تقوم بتسيير أعمال الاتحاد لحين عقد جمعية عمومية طارئة. واكد مالك أن تشكيل المكتب التنفيذي للإتحاد باطل نظرا لأنه يضم الان 9 أعضاء فقط من أصل 21 عضوا الذين انسحبوا خلال ل 3 سنوات الماضية،كان قد تم انتخابهم فى المؤتمر التأسيسي.. وفي ذات السياق قال سمير الشيخ رئيس مجلس ادارة الدفاع عن عمال مصر لاتوجد انتخابات للنقابات فى اتحاد العمال نظرا لقرار مد العمل للجنة الادارية الحالية برئاسة جبالى المراغى لمدة عام اخر تبدا من 27 مايو 2015 لحين اجراء انتخابات بعد صدور قانون الحريات النقابية الجديد ا.. وتابع قائلا لذى لم يصدر بعد قرر الاتحاد العام عقد جمعيات عمومية للنقايات العامة للموافقة على قرار المد دون احراء تغيرات لمجلس الادارة الحالى .. وأشار إلي ضعف الدور النقابي في حل مشاكل العمال سواء من جانب الاتخاد العام او النقابات المستقلة وقال كلاهما اسوء من بعض فى خدمة العمال والا ما استمر الفصل التعسفى اليومى للعمال والنقابين .. وأضاف بينما انشغلت قيادات الاتحاد العام والاتحادات المستقلة بالسفر للخارج مما أدي لاتهام الكثير منهم بالتمويل والعمالة