اشتهر بمواقفه الصلبة ضد النظام المصري السابق وكشف عمليات التزوير التي كان ينتهجها قرر الرئيس المصري محمد مرسى تعيين المستشار محمود مكي المنسق العام لحركة "قضاة الاستقلال" نائبا له.
ومكي، نائب رئيس محكمة النقض، أحد أبرز القضاة المستقلين اشتهر بمواقفه المعارضة لنظام الرئيس السابق حسني مبارك، وساهم فى كشف عمليات التزوير بالانتخابات التي كان ينتهجها.
ويحظى محمود مكي، شقيق المستشار أحمد مكي وزير العدل، بتقدير القوى السياسية التي تحسب له مواقفه الجريئة والصلبة ضد النظام السابق، حتى أنه تم ترشيحه من قبل بعض القوى السياسية والشعبية لتولى منصب محافظ الإسكندرية عقب ثورة 25 يناير.
كما يحظى مكي وهو على مشارف السبعينات بنفس القدر من التقدير على المستوى الشعبي نظرا لما يعرف عنه ب"النزاهة والحيادية"، ويشغل المستشار منصب منسق حركة قضاة الاستقلال التى تضم عددا كبيرا من قيادات القضاة المصريين وبينهم المستشارين هشام جنينة وأحمد صابر وزكريا عبد العزيز والمستشار ناجى دربالة.
وكان مكي رئيسا للجنة متابعة الانتخابات في نادي القضاة، ومنسق حركة قضاة الاستقلال، كما قاد مظاهرات استقلال القضاء عام 2006 حيث كان أحد منظميها والتي كانت تطالب بتعديل المادة 76 من الدستور المصري ليصبح اختيار رئيس الجمهورية بين أكثر من مرشح بدلا من الاستفتاء.
وكان مكي من أبرز المنادين باستقلال القضاء ونزع تبعيته عن السلطة التنفيذية، فهو محسوب على التيار الإصلاحي، وأحيل إلى مجلس تأديبي عقب تأكيد بوقوع تجاوزات في الانتخابات البرلمانية العام 2005، وقضت المحكمة التأديبية التي أحيل إليها ببراءته.
وعقب الحكم بالسجن المؤبد على الرئيس السابق في قضية قتل المتظاهرين، قال محمود مكي إن "حجج القاضي للحكم على مبارك ضعيفة وحكم متناقض، فهو حكم على من أعطوا الأوامر بالمؤبد.. وفي نفس الوقت تم تبرئة من نفذ الأوامر ولو تم نقض الحكم واستئنافه سيحصل مبارك على البراءة"، في إشارة إلى تبرئة 6 من قيادات وزارة الداخلية في القضية نفسها.
واتهم مكي أجهزة الدولة بأنها "أخفت الأدلة القطعية"، كما اتهم النيابة ب"التقاعس" في عملية البحث عن الأدلة، وقال إن الأجهزة الأمنية امتنعت عن تقديم أي دليل بل وتم "إتلاف وفرم وحرق الأوراق والمستندات والأسطوانات من أجل تبرئة رجال مبارك ومبارك نفسه وضباط الداخلية".
وتابع "حتى الذين تم تصويرهم وهم يقتلوا المتظاهرين خرجوا براءة لنقص الأدلة والكل يتواطأ لعدم إظهار الحقيقة ومحاكمة الجناة".