أكدت السفيرة منى عمر مساعد وزير الخارجية للشئون الأفريقية، أن مصر استعدت للسيناريو المحتمل بانفصال الجنوب السودانى عن الشمال، واحتمال ظهور أزمة حول حصة السودان التى تقدر ب18.5 مليار متر مكعب سنويا، وهل سيتم تقسيمها بين الشمال والجنوب أم سيحصل الجنوب على حصة من مياه النهر غير محددة. وقالت إن مصر قامت بدراسة كل الاحتمالات لهذا الموضوع، ووصفت التواجد المصرى فى جنوب السودان بالقوى جدا بقولها "إحنا فى الجنوب مش قليلين وأتقل من أى حد، ولدينا علاقات قوية مع الأخوة فى الجنوب، بالإضافة إلى عدد من المشاريع والمستشفيات والخبراء المتواجدين هناك، وأن الاتفاقية الإطارية تحقق مصلحة جميع الدول، بما فى ذلك جنوب السودان إذا انفصلت" وأشارت إلى أن أزمة حوض النيل ليست فى نقص المياه ولكن فى سوء استغلالها. وعلى النقيض أكدت مصادر مطلعة داخل وزارة الرى أن هناك مخاوف وقلق مصرى فى حالة انقسام السودان لان هذا سوف يتطلب توزيع حصه السودان كاملة على الجانبين مؤكدا ان مصر تحصل على جزء من نصيب السودان حيث ان المياه الزائدة الوافدة من دول المنبع مصر فقط هى التى كانت تحصل عليها لان السودان لا تحتاج الى هذه المياه. وأضافت مصادر أخرى بالخارجية ان انقسام السودان سوف يوتر العلاقات بين مصر والسودان وهذا ما نتوقعه لان كل جزء سيطالب بنصيبه من المياه وهذا ما يستدعى تقليص حصة مصر من مياه النيل، واشارت المصادر أن هذا الانقسام سوف يستدعى من الجانب المصرى بذل مجهود خارق حتى نستطيع الاحتفاظ بحقوق مصر التاريخية.