في ثالث أيام عمله بمكتبه بمشيخة الأزهر استقبل الدكتور احمد الطيب شيخ الأزهر الجديد البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية الذي حضر مهنئًا، والذي عبر عن أمله في أن يستمر التعاون مع الأزهر الشريف من أجل دعم الوحدة الوطنية والقضاء علي أي نزاعات طائفية. من جانبه قال الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر: إن الإسلام هو دين التسامح والحوار مع الآخر وانه سيعمل علي دعم الوحدة الوطنية والقضاء علي أي فتنة تطفو على السطح. وعلى جانب آخر وفي حديثه إلى برنامج "وجهة نظر" الذي يقدمه الإعلامي عبد اللطيف المناوي نفى شيخ الأزهر أنه شيخ للطريقة الأحمدية التي تنتمي لها عائلته، وقال: لست شيخا للطريقة وليس لدي مقومات الزهد في أمور المباحات والحلال، مؤكدا أن عائلته هي التي ترتبط بهذه الطريقة وأخيه الأكبر هو من يباشرها. وشن الطيب هجومًا حادا علي الدعاة الجدد ووصف برامجهم المتشددة بأنها ضارة بالمسلمين، مؤكدًا أنهم يؤدون أداءًا تمثيليا خاصة حين يبكون أمام الشاشة، مجددا رفضه لكلامهم عن الجنة والنار والقبر، وانه ينوي عقد لقاءات لتوعية الشباب. وأشار إلى أن سبب اتجاه الناس للدعاة الجدد هو الأسلوب التقليدي لدعاة ومشايخ الأزهر، واصفًا الشباب اليوم ب" أكشن" ولا تناسبه هذه الأساليب التقليدية، مؤكدًا أن فلسفة التحريم التي انتشرت في المجتمع فلسفة مدعومة من الخارج.