استكمل أعضاء الجمعية التأسيسية برئاسة المستشار حسام الغرياني رئيس الجمعية ، مناقشاتهم بشأن باب الأمن القومي بالموافقة على مادتي القضاء العسكري والشرطة من مسودة الدستور، وذلك بعد مناقشات ساخنة. واتفق الأعضاء على إجراء تعديل مقترح على المادة 199 من الدستور والخاصة بالقضاء العسكري ونصها: القضاء العسكري جهة قضائية مستقلة يختص وحده بالفصل في كافة الجرائم المتعلقة بالقوات المسلحة وضباطها وأفرادها، ويبين القانون اختصاصاته الأخرى. وأعضاء القضاء العسكري مستقلون وغير قابلين للعزل ويتمتعون بكافة الحصانات والضمانات والحقوق والواجبات المقررة للجهات القضائية الأخرى. وقد وافق الأعضاء على إضافة فقرة تقول '' لا يجوز محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري إلا في الجرائم التي تضر بالقوات المسلحة''. وجاء ذلك بعد مناقشات حامية بين كثير من أعضاء الجمعية، ممن رأوا أن من أهم إنجازات الثورة هو إلغاء محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري وبالتالي لا يجب أن يعيدها الدستور الجديد. ورأى الدكتور محمد علي بشر عضو الجمعية، أن يكون هناك بند يضبط مكانياً محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري، بحيث يختص بمكان تابع للقوات المسلحة بينما اقترح الدكتور محمود غزلان تغليظ العقوبات في الجرائم المحددة. فيما أكد اللواء ممدوح شاهين عضو الجمعية، أن القوات المسلحة لا تريد محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري وإنما الأمر يتعلق بحماية القوات المسلحة ومنشآتها وأفرادها. كما شدد اللواء مجد الدين بركات على أهمية التخصص بالنسبة للقضاء، مضيفاً أن ما تعرض له الكثيرون في ظل النظام السابق أمام القضاء العسكري كان تصفية حسابات وليس جرائم ارتكبها مدنيون في حق القوات المسلحة. كما وافقوا على المادة رقم 200 والخاصة بالشرطة والتي نصها : الشرطة هيئة مدنية نظامية، تؤدي واجبها في خدمة الشعب، وولاؤها للدستور والقانون، وتتولى حفظ النظام والأمن والآداب العامة، وتنفيذ ما تفرضه القوانين واللوائح، وتكفل للمواطنين الطمأنينة وحماية كرامتهم وحقوقهم، وذلك كله على الوجه الذي ينظمه القانون، بما يكفل قيام أعضاء هيئة الشرطة بواجباتهم. ووافق الأعضاء على إضافة عبارة '' يتولى رئيس الجمهورية رئاستها '' بعد عبارة '' هيئة مدنية نظامية'' في بداية المادة.
