علق الرئيس السوداني عمر البشير على غضب المسلمين تجاه الفيلم المسيء للنبي صلى الله عليه وسلم قائلاً ''إن الحكومات لها حساباتها الخاصة، وتختلف ردة فعلها عن ردة فعل الشعوب''، موضحاً أن الإجراءات الحكومية تتمثل في طرد السفراء وخفض التمثيل الدبلوماسي والإدانة والاحتجاجات الرسمية. وأكد البشير على أنه سمح للشعب السوداني التعبير عن رأيه دون التخريب والتعدي على السفارات مشيراً إلى رفضه دخول أي قوات أجنبية لحمايتها لأن الحكومة السودانية قادرة على توفير الحماية الكافية لهم. وعن العلاقات المصرية السودان لفت النظر إلى أن هناك ثلاثة طرق أساسية ستربط بين مصر والسودان سيتم الانتهاء منها بعد شهرين ليشجع التجارة المشتركة موضحاً أنه هما طريق ساحل البحر الأحمر، وشرق النيل، وغرب النيل. وأشار البشير خلال لقاء خاص ببرنامج ''اتجاهات'' المذاع على التلفزيون المصري أن الزراعة هى أساس الاستثمار بين مصر والسودان مضيفاً ''ومن منطلق استشعارنا بأهمية الشراكة مع مصر، قمنا بتوقيع اتفاقيات الحريات الأربع وتشمل حركة المواطنين والإقامة والتملك والعمل لأنها تزيل العقبات أمام القطاع الخاص بالأخص''. وفي رده على سؤال بأن هناك تخوفا من أن ينفصل دارفور مثل جنوب السودان ويصبح السودان مقسما إلى ثلاث مناطق قال ''إنه من المخطط للسودان أن يتم التقسيم إلى خمس مناطق، مؤكدا أن الوضع في دارفور يختلف عن جنوب السودان''. وأعتبر البشير علاقة دولة جنوب السودان بدولة الاحتلال الإسرائيلي بالساعية لإضعاف العلاقات المصرية السودانية، لكن بعد التحول الذي حدث في شمال أفريقيا فإن إسرائيل أصبحت أكثر قلقا, فالسودان هى العمق الاستراتيجى لمصر، كذلك بالنسبة إلى ليبيا، فمصر هى الدولة الرئيسية في مواجهة إسرائيل، وإضعاف مصر يعنى إضعاف العمق بالنسبة لها، ووجود إسرائيل في الجنوب ليس الهدف منه هو دعمه، لكن الهدف منه تسخير دولة الجنوب لإشغال السودان وإضعافه حتى لا يكون العمق القوى لمصر. وحول قضية مياه النيل والأوضاع في الجنوب واحتمالية أن يكون لها تأثير خاصة مع وجود قوى متعددة في الجنوب خاصة إسرائيل، أجاب الرئيس السودانى أنه سيتم تقاسم حصة السودان من المياه مع الجنوب، كما أن إمكانية أن تستغل دول حوض النيل المياه للزراعة محدودة جدا ولا تؤثر على موارد النيل، وهناك العديد من المشروعات التى يمكن أن تقام وتزيد من إيرادات مياه النيل من الجزء الجنوبى موجودة في هذه المنطقة مثل قناة ( جونجلى) بمقدار 8 مليارات متر مكعب، وقطعا وجود إسرائيل في الجنوب يمكن أن يؤثر على هذه المشروعات، والمطالبة بأن يكون لكل دول حوض النيل حصص سيعود بالنفع على إسرائيل، مؤكدا في الوقت نفسه بأننا لا نقبل بأن تخرج مياه النيل خارج الحوض. تجدر الإشارة إلى أن الرئيس السوداني عمر البشير هو أول رئيس قدم إلى مصر بعد ثورة الخامس والعشرين من يناير، وتعتبر زيارته الأخيرة هى الثانية له قد أجرى العديد من المباحثات والعلاقات الخاصة بالبلدين.