اشارت التحقيقات الأولية التى بدأتها النيابة العامة فى أحداث عنف جامعة الأزهر، المتهم فيها عدد من الطلاب والطالبات المنتمين لجماعة الإخوان الإرهابية أن الطلاب المنتمين إلى تنظيم الإخوان المسلمين الإرهابى، تلقوا تعليمات من قيادتهم لافتعال أعمال شغب وعنف بكليات جامعة الأزهر، واستفزاز قوات الأمن المركزى لإشعال الاشتباكات بينهم وبين الطلاب وإظهار الأمن فى صورة الاعتداء على الطلبة. ووجود مخطط لتعطيل امتحانات نصف العام الدراسى بالكليات، عن طريق استفزاز قوات الأمن وجرها إلى اشتباكات بالمدينة الجامعية لإثارة مشاعر الطلاب، وذلك عن طريق توجيه السباب للقوات، ورشقهم بالحجارة والزجاجات الفارغة، واستهدافهم بقنابل الحارقة، وإطلاق الشماريخ والألعاب النارية تجاههم. ثم نقل الاشتباكات إلى الكليات المختلفة أثناء الامتحانات ومنع زملائهم من دخول القاعات، وتأدية الأمتحانات وذلك عن طريق القوة والتجمهر أمام البوابات وإطلاق الشماريخ لإرهابهم. واشترك فى هذا المخطط طلاب وطالبات جماعة الإخوان الذين أعدوا أغراضها لتنفيذه. وكشفت التحقيقات أن عناصر الإخوان استخدموا أسلوبا موحدا فى كل الكليات لإجبار الإدارة على تأجيل الامتحانات، حيث قاموا بسرقة أوراق الإجابة الخاصة بالطلبة زملائهم وأشعلوا النيران فيها، واقتحام اللجان بالقوة وإحداث حالة من الفوضى للتأثير على الطلبة ومنعهم من أداء الامتحان. كما قام طلاب الإخوان بإحراق عدد من مبانى الكليات بجامعة الأزهر، والاعتداء على المراقبين فى اللجان ومنع بعضهم من الدخول، والاستيلاء على أوراق الإجابة والأسئلة بعد محاصرتهم للأمين العام، فيما قامت الطالبات المنتميات إلى الجماعة بإشعال النار بصوبات الزراعة بالكلية. ووجهت النيابة العامة للمتهمين تهم ارتكاب جرائم التجمهر، والبلطجة، الانتماء إلى جماعة إرهابية أسست على خلاف القانون وتسعى لتعطيل أحكامه، ومنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها، إرهاب الطلاب وترويعهم، واستعراض القوة والتلويح بالعنف، والاعتداء على رجال الشرطة، وحيازة أسلحة بيضاء وألعاب نارية بغرض استخدامها فى تعطيل الامتحانات، والحرق العمد بإضرام النيران فى المبانى، مخالفة قانون التظاهر.