أعلن الاتحاد الإفريقي لكرة القدم قرعة لقاءات دور المجموعات المؤهل للمرحلة النهائية من تصفيات كأس العالم 2014 بالبرازيل والتي تتنافس فيها مصر ضمن فرق المجموعة السابعة إلى جوار منتخبات غينيا وزيمبابوي وموزمبيق. ويبدأ الفراعنة مشوارهم في هذا الدور بمواجهة موزمبيق مطلع يونيو 2012 بالقاهرة علما بأنه يحق للاتحاد المصري لكرة القدم تحديد أي يوم آخر للقاء حتى الخامس من الشهر ذاته. ويخرج رفاق أحمد حسن في الجولة الثانية إلى كوناكري لمواجهة غينيا يوم 8 يونيو 2012. ويعود المنتخب المصري إلى استاد القاهرة يوم 22 مارس 2013 حيث يستضيف منتخب زيمبابوي في الجولة الثالثة. وفي الجولة الرابعة تخرج مصر لمواجهة زيمبابوي في هراري يوم 6 يونيو 2013، قبل مواجهة موزمبيق في مابوتو يوم 14 يونيو في الجولة الخامسة. ويختتم الفراعنة لقاءات دور المجموعات - الجولة السادسة - بمواجهة غينيا في القاهرة يوم 6 سبتمبر. وجاءت المجموعات العشر لهذا الدور كالتالي: المجموعة الأولي: جنوب أفريقيا- بوتسوانا- أفريقيا الوسطي- أثيوبيا المجموعة الثانية: تونس- الرأس الأخضر- سيراليون- غينيا الإستوائية المجموعة الثالثة: كوت ديفوار- المغرب- جامبيا- تنزانيا المجموعة الرابعة: غانا- زامبيا- السودان- ليسوتو المجموعة الخامسة: بوركينا فاسو- الجابون- النيجر- الكونغو المجموعة السادسة: نيجيريا- مالاوي- كينيا- ناميبيا المجموعة السابعة: مصر- غينيا- زيمبابوي- موزمبيق المجموعة الثامنة: الجزائر- مالي- بنين- رواندا المجموعة التاسعة: الكاميرون- ليبيا- توجو- الكونغو الديموقراطية المجموعة العاشرة: السنغال- أوغندا- أنجولا- ليبيريا ويقضي هذا الدور بتأهل أوائل المجموعات العشر إلى المرحلة النهائية والتي تقام بنظام خروج المغلوب ليتأهل الخمسة الفائزون للمونديال.