فى الوقت الذى دعت فيه حركة المقاومة الفلسطينية حماس، السلطات المصرية إلى تقديم ما لديها من أدلة لوزارة الداخلية في غزة من أجل التحقيق حول مسؤولية تنظيم جيش الإسلام عن تفجير كنيسة القديسين بالإسكندرية, نفى متحدث باسم جيش الإسلام علاقة جماعته، بتفجير الكنيسة المصرية، ولكنه أشاد بمنفذيه. وشكك مصدر قيادي في "حماس" في صحة الاتهام، ولكنه دعا السلطات المصرية إلى تقديم ما لديها من أدلة حول الحادثة من أجل التحقيق فيها وكشف الحقائق. ونقلت وكالة "يونايتد برس انترناشونال" عن المصدر الفلسطيني قوله :"نؤكد أن قطاع غزة خال من تنظيم القاعدة، وأن الفصائل الموجودة توجه سلاحها للعدو الإسرائيلي، ونعتقد أن الموساد هو المتهم والمستفيد الأول من تفجير الكنيسة المصرية". وأضاف "بالرغم من ذلك "ندعو السلطات ووزارة الداخلية المصرية إلى تقديم ما لديها من أدلة للجهات المختصة في الحكومة بغزة، التي لديها استعداد كامل للتعاون في كشف الحقائق ومجريات التحقيق". وكانت حركة المقاومة الاسلامية حماس قد اصدرت بيانا فى اعقاب اعلان وزير الداخلية المصرى حبيب العادلى عن ضلوع جيش تنظيم الاسلام بغزة فى تفجيرات كنيسة القديسين بالاسكندرية جاء فيه : أولاً: لقد أدنا الحادث الإجرامي الذي وقع في كنيسة القديسين وقلنا انه يتناقض مع الشرع بغض النظر عن الجهة التي تقف خلفه. ثانيا: إن علاقتنا بمصر ستظل علاقة متينة وسيظل الأمن القومي المصري والعربي أحد أولوياتنا في الحكومة الفلسطينية ونؤكد على علاقاتنا الطيبة مع المسيحيين عربا وفلسطينيين ولا نسمح بأي عمل يخل هذه العلاقة. ثالثا: طلبت الحكومة من الجهات التي تتصل بالأشقاء في مصر الاتصال بها للوقوف على حقيقة ما نشر ونحن على استعداد للتعاون في كشف الحقائق ومجريات التحقيق. رابعا: نؤكد على أن قطاع غزة خالٍ من تنظيم القاعدة وأن جميع الفصائل الفلسطينية والحالات المقاومة توجه بنادقها إلى العدو الصهيوني فقط سعياً لإنهاء الاحتلال المفروض على الشعب الفلسطيني