اتخذت مديرية أوقاف الانقلاب بالوادي الجديد عددا من الإجراءات التعسفية ضد الأئمة الرافضين للانقلاب العسكري بالمحافظة ، مع إصدار تعليمات توضح خطط الوزارة وطريقة عملها في ظل حكم الانقلابيين. تشمل سياسية الانقلابيين تهديد الأئمة الذين يتحدثون عن القضايا العامة ، وحظر الحديث عن القضايا السياسية ، واكدت رسميا وجود مراقبة ميدانية دورية لجميع العاملين بالمديرية ، مع التنبية بعدم تمكين أي أحد من إمامة المصليين !. جاء ذلك خلال الاجتماع السري الذي عقد مؤخرا بين الدكتور محمد أحمد حسين مهران مدير اوقاف الانقلاب بالوادي الجديد وحضره مديرو الإدارات بالمحافظة في 18-8-2013. نجحت الحرية والعدالة في الحصول على محضر هذا الاجتماع ، كما حصلت على محاضر اجتماعات إدارات الأوقاف بكل من الجديدة بتاريخ 22-8-2013 ، والداخلة بتاريخ 20-8-2013 ، والخارجة بتاريخ 25-8-2013 . تضمن محضر الاجتماع 7 بنود جاء فيها التنبية على مديري الإدارات بعقد اجتماع بالسادة الأئمة بكل إدارة وأخذ علمهم بعدم الخوض في الأمور السياسية داخل المسجد ، و حصر خطباء المكافأة الحاصلين على المؤهلات الأزهرية وغير الأزهرية ، ولا يصعد المنبر إلا من كان حاصلا على مؤهل أزهري ومعتدل " موالي للانقلاب" في خطابه ومن يخالف التعليمات يوقف تصريحة فورا ، والتنبيه على الأئمة بعدم تمكين أي أحد من إمامة المصلين أو إلقاء دروس أو خطب داخل المسجد والإبلاغ فورا عن أي تعديات على المساجد ، وغلق المساجد الكبرى عقب الصلوات . كما تضمن اجتماع إدارة أوقاف الخارجة في 25-8-2013 ،اربعة بنو د تضمنت بندا نصه : "من يخالف تعليمات الوزارة والمديرية ويتحدث في القضايا السياسية ويثير الرأي العام سيعامل بكل شدة ويحال للمسائلة ، وأن هناك متابعة ميدانية ومستمرة للجميع وقد أسفرت هذة المتابعة عن نقل الشيخ مصطفى عثمان عبد الله إمام وخطيب المجمع الإسلامي الكبير من مكانه إلى مسجد آخر ومساءلته لميوله إلى جماعة الإخوان وعدم تنفيذه لتعليمات الوزارة ، وكذا تم وقف التصريح الخاص بالسيد / صبري يوسف محمد خطيب المكافأة لتناوله القضايا السياسية " من جانبهم أبدى عدد كبير من الأئمة استياءهم الشديد للأوضاع التي آلت إليها الوزارة ، وتدخل الأمن بصورة سافرة في مجال عملهم ، مؤكدين أن مخبري أمن الانقلاب ينتشرون بصورة واضحة في جميع المساجد لمراقبة الأئمة والمصلين ، واعتبروا تحديد نوعية الخطب والدروس الدينية ومواضيعها مخالف للشريعة الإسلامية في الأساس ،و التي تدعو إلى التفكر والتنوع وتناول مختلف نواحي الحياه للإنسان ، وأبدوا أسفهم الشديد لإصرار الانقلابيين على إهدار كرامة العلماء.