قال د. محمد بهاء الدين وزير الموارد المائية والري: إنه تم التنسيق مع دولة السودان لتشكيل موقف موحد لمواجهة دول حوض النيل ورفض التوقيع على الاتفاقية الإطارية بشكلها الحالي؛ لأن بها نقاط خلافية تتمثل في حرص الدولتين على ذكر الحقوق التاريخية المتكسبة لمصر والسودان في مياه النيل، وأن الدولتين تصران على أن يكون قرار دول حوض النيل بالإجماع وليس بالأغلبية، وأن يكون هناك إخطار مسبق من قبل دول المنبع بأي مشاريع تجرى على نهر النيل. وأضاف في مؤتمر صحفي حول نتائج زيارة الرئيس مرسي إلى السودان، أن التعاون الثنائي بين مصر ودول حوض النيل لم يتوقف، وتم التوافق بين مصر وإثيوبيا والسودان على عمل آلية جديدة لعمل تعاون إقليمي لدول حوض النيل الشرقي، وقد تنضم لها جنوب السودان مستقبلا. وأوضح أن مصر لها برنامج في التعاون الثنائي مع جميع دول حوض النيل سواء بحفر آبار أو إنشاء سدود أو تزويدهم بالمعدات.