بدأت نيابة أمن الدولة العليا الانقلابية تحقيقاتها مع الدكتور محمد علي بشر وزير التنمية المحلية في حكومة الدكتور هشام قنديل، والذي اعتقلته ميليشيات الانقلاب فجر اليوم عقب مداهمة منزله بمدينة شبين الكوم محافظة المنوفية. كان المستشار تامر فرجاني المحامي العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا، قد أصدر أمرا بضبط وإحضار د. محمد علي بشر، على خلفية تلفيق اتهامات له بالاشتراك في ارتكاب جرائم التحريض على العنف والإرهاب ومناهضة الدولة باستخدام العنف المسلح. كما لفقت نيابة أمن الدولة العليا إلى محمد علي بشر عددا من الاتهامات، في مقدمتها الانضمام إلى جماعة إرهابية مؤسسة على خلاف أحكام الدستور والقانون، الغرض منها الدعوة إلى تعطيل القوانين ومنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين، والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي وتتخذ من الإرهاب وسيلة لتنفيذ أغراضه