وصف المحامي أحمد سيف الإسلام الناشط الحقوقي، ووالد الناشط اليساري المحبوس علاء عبد الفتاح، المشير عبد الفتاح السيسي قائد الانقلاب، بأنه الكوماندا الذي يدير وينسق بين الأجهزة الأمنية بمصر والأجهزة السرية المختلفة في عملها ضد الشعب. وقال سيف الإسلام: "عندي شكوك عالية أن من يدير الداخلية الآن هم قيادات المجلس العسكري، وليس قيادات الداخلية، وأصبح هناك تقسيم مناطق نفوذ، فمباحث أمن الدولة أطلق يدها في بعض الملفات، والمخابرات الحربية أطلق يدها في بعض الملفات، والمخابرات العامة أطلق يدها في ملفات أخرى، والكوماندا الذي يدير جميع تلك الأجهزة هو وزير الدفاع، وفقاً لما جاء بموقع "مصر العربية".
وأضاف أن الجيش هو المتحكم الرئيسي في كل مجريات الأمور منذ ثورة 25 يناير حتى الآن، وخلال الثورة (الجيش) قبض علينا يوم 3-2 -2011، والشرطة العسكرية هي التي استلمتنا، ونقلتنا إلى مبنى المخابرات العامة (س 75) التي كان يرأسها في هذا الوقت عبد الفتاح السيسي، وأخلي سبيلنا يوم 5-2-2011. وأشار إلى أن المخابرات الحربية والشرطة العسكرية تعمل في داخل البلد منذ قيام الثورة وحتى يومنا هذا، وهم مسئولون بجزء كبير عن الانتهاكات التي حدثت، فالتعذيب الذي تم بالمتحف المصري في أيام الثورة كان يتم بمعرفة القوات المسلحة، ومن كان يقوم بالتعذيب هم ضباط القوات المسلحة، والسكوت عن هذا يعتبر تواطؤًا. ووصف الناشط الحقوقي ما حدث في رابعة والنهضة والحرس الجمهوري، بأنه "مذابح بما تعنيه الكلمة"، بغض النظر عن أي تفاصيل أخرى، أو محاولات لتبرير المجزرة، مشددًا على أن من يصمت عن تلك المذبحة "مدان"، والإدانة الكبرى لمن حاول أن يجملها. وتابع : "الضمير الإنساني لا يستطيع أن يصمت على تلك المذبحة، فهي مثلها مثل مذبحة ماسبيرو التي قامت فيها الدبابات المصرية بدهس المتظاهرين".