انضم لثورة يناير فى أيامها الأولى وضحّى بمنصب الناطق باسم الأزهر نشطاء: قرار "موفق" يسهم فى تحقيق أهداف الثورة هيثم محمد ظل منصب رئيس ديوان رئيس الجمهورية شاغرًا بعد الثورة بعد أن ظل حكرًا على زكريا عزمى (المحبوس حاليا)، وانتشرت الكثير من الأقاويل عن نية الرئيس محمد مرسى تعيين أحد أعضاء جماعة الإخوان المسلمين رئيسا للديوان، إلا أنه لم يُلق بالًا لتلك التصريحات حتى قرر تعيين السفير محمد الطهطاوى رئيسًا للديوان. وكان الرئيس محمد مرسى قد أصدر قرارا جمهوريا –الأربعاء- بتعيين السفير محمد فتحى رفاعة الطهطاوى رئيسا لديوان رئيس الجمهورية. ويعتبر قرار اختيار "الطهطاوى" لمنصب رئيس ديوان رئيس الجمهورية من ضمن سعى الرئيس مرسى لتشكيل فريق رئاسى معاون له بعد مرور ما يقرب من 40 يومًا على توليه الرئاسة. وعبّر عدد من ممثلى القوى الثورية عن دعمهم الكامل لقرار الرئيس باختيار "الطهطاوى" لهذا المنصب، مطالبين إياه باتخاذ الكثير من مثل هذه القرارات باختيار الأشخاص المناسبين لمساعدته على تغيير أوضاع البلاد، وللمضى قدمًا نحو تحقيق أهداف الثورة. فمن جانبه قال محمود عفيفى -المتحدث الرسمى باسم حركة شباب 6 إبريل-: إن قرار الرئيس محمد مرسى باختيار السفير محمد رفاعة الطهطاوى جاء موفقا، معتبرا إياه قرارًا ثوريا فى الأساس. وأضاف: إن الطهطاوى رجل غاية فى الاحترام ولا غبار عليه، ويكفى بجانب شخصيته مشاركته فى أيام الثورة الأولى وانحيازه لها منذ بدايتها. وقال عفيفى: إن تقدم الطهطاوى باستقالته من منصب المتحدث الرسمى باسم الأزهر وانضمامه للثوار فى الميدان، يؤكدان أنه مؤمن بالثورة وأفكارها ومبادئها، مما يجعله قادرا على المشاركة فى تحقيق أهدافها، مشيرا إلى أنهم كقوى ثورية ينتظرون منه الكثير فى الفترة القادمة من خلال عمله ضمن فريق مؤسسة الرئاسة التى بدأ الرئيس فى تشكيلها. فيما أكدت الناشطة السياسية أسماء محفوظ تأييدها لقرار الرئيس باختيار الطهطاوى رئيسا لديوان الجمهورية، موضحة أن اختيار هذه الشخصية جعلها هى وغيرها من القوى السياسية والثورية يشعرون بأن هذه أولى الخطوات على طريق تحقيق أهداف الثورة. وأشارت إلى أنها فى سبيل ذلك وبعد هذا القرار وغيره من القرارات التى أصدرها الرئيس الأربعاء أول أمس؛ قامت بالنزول فى اليوم نفسه ودعت إلى مظاهرة أمام قصر الاتحادية لدعم الرئيس مرسى فى قراراته، مشيرة إلى أنها تنتظر منه الكثير من مثل هذه القرارات. ومن الجدير بالذكر أن السفير محمد رفاعة الطهطاوى شغل منصب المتحدث الرسمى باسم الأزهر الشريف بناء على اختيار الإمام الأكبر أحمد الطيب لشخصه نظرا لمكانته الدولية التى ساهمت فى خدمة الرسالة العالمية للأزهر الشريف بنشر صحيح الإسلام بمنهجه المعتدل. وعقب اندلاع ثورة الخامس والعشرين من يناير، استقال الطهطاوى من منصبه بالأزهر فى الرابع من فبراير 2011، وذلك اعتراضا على فساد النظام السابق وطريقة تعامله مع المتظاهرين، وانضم للثوار بميدان التحرير حتى رحل الرئيس المخلوع مبارك، ودعم الطهطاوى الوحدة الوطنية. وأعلن الطهطاوى دعمه للمتظاهرين المطالبين بإسقاط النظام، وطالب أكثر من مرة بمحاكمة مبارك سياسيا بتهم تزوير الانتخابات، واعتبرها أهم من اتهامه بالتربح، كما كان له رأى واضح فى مسألة "استعادة الأموال المصرية المهربة للخارج" التى ما زال يكتنفها الكثير من الغموض. وعمل الطهطاوى سفيرا لمصر فى عدة دول، منها "ليبيا، وإيران"، وشغل منصب "مساعد وزير الخارجية للشئون الإفريقية" ثم "عميدا للمعهد الدبلوماسى"، وتردد اسمه فى شهر يوليو من العام 2011 كمرشح لشغل منصب وزير الخارجية فى التعديل الوزارى بحكومة الدكتور عصام شرف. واختاره عمرو موسى -وزير الخارجية الأسبق- لترؤس الطاقم الدبلوماسى المصرى فى العاصمة الإيرانية طهران عام 1979م -بعد أن كان يعمل فى بروكسل- فى فترة هى الأصعب فى تاريخ العلاقات بين مصر وإيران بعد الثورة الإسلامية.