قال الدكتور سيف الدين عبد الفتاح، أستاذ العلوم السياسية بجامعة القاهرة، إن رئيس الجمهورية الدكتور محمد مرسي ليس وحده في مواجهة الدولة العميقة، مؤكدًا ضرورة اصطفاف الشعب وكل القوى السياسية والثورية حوله، حتى تعمل له الدولة العميقة ألف حساب. وأكد عبد الفتاح، خلال لقائه مع برنامج "أهل البلد" على فضائية مصر25، أن هناك محاولات عديدة هدفها إفشال مرسي، لافتا إلى أن هناك أجهزة ومؤسسات تعلن التباطؤ في العمل بشكل غير رسمي مما يشعر كثير من الناس أن هناك أكثر من جهة تحكم مصر، وبالتالي يفقدون الثقة في مؤسسة الرئاسة. وأضاف عبد الفتاح، أن الأفضل لمؤسسة الرئاسة في مرحلتها الأولى أن تعمل على حل المشكلات عن طريق التوازي وليس التوالي، مؤكدًا أن التعامل مع الأزمات بشكل منهجي يعطي انطباعا ورسالة إعلامية وسياسية أننا نسير في الطريق الصحيح. وشدد عبد الفتاح على أن عدم التعامل مع هذه المشاكل بشكل جيد أو محاولة تأجيلها يؤدي إلى تآكل الثقة بين الشعب ومؤسسة الرئاسة، مؤكدًا على ضرورة وجود جهاز معلومات يرصد كافة مشكلات المواطنين بدقة كبيرة؛ حتى يتيسر سبل حلها. وأشار أستاذ العلوم السياسية إلى أن التعامل مع الدولة العميقة لا بد أن يكون بين فرٍّ وكر، مؤكدًا أن هذه الدولة التي استمرت 60 عاما بمؤسسات معينة، وتمكنت من خلال ثلاثين عاما في بناء مؤسسة استبداد وفساد لا يمكن أن تتخلى عن مصالحها في يوم وليلة.