قال التقرير السنوى الصادر عن مركز ابن خلدون للدراسات الإنمائية، إن الرئيس المعزول محمد مرسى قام بالانقضاض على سيادة الدستور بالإعلان الدستورى الذى أصدره فى نوفمبر 2012، والتدخل فى شئون القضاء بإقالة النائب العام عبدالمجيد محمود ما أغضب القضاة وجعل المستشار محمود مكى، وزير العدل آنذاك يقدم استقالته، وقمع المتظاهرين واستشهاد عدد من المتظاهرين على أيدى قوات الأمن، بتحريض من مكتب إرشاد جماعة الإخوان المسلمين التى ينتمى إليها. وأضاف التقرير، الذى صدر فى 34 صفحة، أنه نتيجة للتصرفات الخاطئة ونتيجة لعدم قدرة النظام على تحقيق مطالب الثورة والجماهير، وعدم قدرته على السيطرة على الأوضاع الأمنية فى البلاد أو تحقيق إنجازات اقتصادية تصاعدت وتيرة القمع للقوى المعارضة، انطلقت حملة شعبية باسم «تمرد» لجمع توقيعات من المواطنين للمطالبة بإسقاط النظام وإقامة انتخابات رئاسية مبكرة، ونجحت الحملة فى جمع أكثر من 23 مليون توقيع فى فترة شهرين. ثم فى 30 يونيو 2013 فى الذكرى الأولى لتنصيب محمد مرسى، اندلعت فى البلاد ثورة عارمة شارك فيها عشرات الملايين للمطالبة بعزل محمد مرسى وإجراء انتخابات رئاسية مبكرة. وأشار التقرير إلى أن اندلاع موجة من العنف من قِبل أنصار الرئيس المعزول محمد مرسى وجماعته فى جميع أرجاء البلاد مناهضة لما سموه «الانقلاب العسكرى»، وطالت موجة العنف هذه، أول ما طالت، الكنائس وممتلكات المسيحيين من المواطنين، بالإضافة للاستهداف المباشر لمقار الشرطة والمنشآت العامة والقتل العمد للضباط والتمثيل بجثثهم. وشهد النصف الأول من عام 2013 العديد من الوقفات الاحتجاجية والاعتصامات والإضرابات والمظاهرات المنددة بالنظام والمعارضة أو المطالبة بالعدالة الاجتماعية أو المطالبة بالقصاص للشهداء. جاءت أبرز المظاهرات فى النصف الأول من العام، متمثلة فى الذكرى الثانية من ثورة «يناير 2013»، والاشتباكات التى وقعت بين المتظاهرين والشرطة آنداك، كما قامت الشرطة باستخدام القنابل المسيلة للدموع والرصاص المطاطى والحى فى أحيان كثيرة لتفريق المتظاهرين. وقامت الشرطة باعتقال نحو 479 من المتظاهرين. وقال التقرير: إن دستور 2012 فتح باب الاعتداء على الحريات. وأشار التقرير إلى أنه بالتزامن مع وصول جماعة الإخوان المسلمين إلى السلطة عام 2012، تصاعدت موجات العنف والاعتداء ضد الصحفيين.