أكد طوال فترة حكمه التى لم تزد عن أشهر قليلة أنه انفصل عن جماعة الإخوان وقت أدائه اليمين الدستورية لرئاسة الجمهورية، ومن جهتها شددت الجماعة أكثر من مرة هى وذراعها السياسية (حزب الحرية والعدالة) على أن الدكتور محمد مرسى خارج حساباتها لأنه «رئيس لكل المصريين وليس للإخوان وحدهم»، إلا أن صورة «استضافة مرشد الإخوان للرئيس عمر البشير» التى انتشرت على مواقع التواصل «فيس بوك وتويتر»، فتحت ملف القضية من جديد، حول دور مكتب الإرشاد فى دائرة صنع القرار فى مصر.. خط واحد يسير عليه الضيف، وبرنامج واحد عليه أن يلتزم به، يستقبله الرئيس مرسى صباحاً ثم يستضيفه الدكتور محمد بديع مرشد الإخوان ليلا، الرئيس السودانى كان آخر من استقبله «الرئيس المنتخب» وسبقه الشيخ يوسف القرضاوى، وخالد مشعل. تختلف الشخصيات والقضية واحدة، الرئيس يستقبل أمير قطر، فيستضيف مكتب الإرشاد وفدا اقتصاديا قطريا لمناقشة سُبُل إنعاش الاقتصاد المصرى. «الاستقبال»، تلك الكلمة التى صنعت القاسم المشترك بين «المرشد» و«الرئيس»، يصفها الدكتور يسرى الغرباوى -الباحث السياسى بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية- بأنها نوع من أنواع ازدواج السلطة فى مصر، ويتساءل: «بتاع إيه المرشد العام للجماعة يستقبل سفيرى بريطانيا وكوريا الجنوبية بالقاهرة والرئيس السودانى عمر البشير.. إلى آخره؟». انفصال الرئيس عن حزب الحرية والعدالة بشكل خاص أو الجماعة بشكل عام هو شىء «وهمى»، حسب «الغرباوى» الذى يؤكد أن الدول الغربية لديها هذه الزاوية فى التعامل مع الدولة، فهى على يقين بأن الرئيس والمرشد شخص واحد، الدليل على هذا قدمه قائلا: يكفى اهتمام واشنطن بتصريحات خيرت الشاطر - النائب الأول لمرشد الإخوان- حول أحداث السفارة بينما لم تهتم بما صرح به «مرسى». المواطن المصرى هو التائه الوحيد وسط زخم وازدواجية التصريحات، لذلك لن يشعر أبداً بأن الثورة قد حققت أهدافها، ويوضح الدكتور الغرباوى: «التصريح الرسمى سيخرج من فم الرئيس مرسى، أما ما سيتم تنفيذه فستجده يخرج من جماعة الإخوان، والدليل على ذلك حركة المحافظين التى ضمت قيادات إخوانية، لم يكن يعرفهم وزير التنمية المحلية الذى أكد أنه لا دخل له فى تعيين هؤلاء كمحافظين»، ويختتم بقوله: «الجماعة والرئاسة إيد واحدة».