يشهد تنظيم القاعدة حالة من التفكك، بسبب الخلاف بين قياداته، حول منهجية التعامل فى الفترة الراهنة مع الأنظمة التى سقطت، أو التى يحاولون إسقاطها، كما فى سوريا. وأعلن صلاح المقدسى، القيادى الجهادى، فى رسائل على موقع «منبر الإعلام الجهادى»، ترك تنظيم القاعدة، والانضمام لجيش الدولة الإسلامية فى العراق والشام «داعش»، قائلاً: «قررت ترك جماعة قاعدة الجهاد، والتحقت بالدولة الإسلامية، مبايعاً أميرها كغيرى من الإخوة، الذين لم يرضوا بالانحراف المنهجى الحاصل من القاعدة، ولأنى رأيت أن منهج الدولة هو الأقرب إلى الصواب والحق، وأنصح إخوانى بترك القاعدة، بعدما تبدلت وانتكست، ليلتحقوا بركب الدولة مشروع الخلافة». وقال أبوالليث المصرى، القيادى الجهادى، فى رسالة مماثلة، إن أيمن الظواهرى، زعيم «القاعدة»، ومنهجه تجاه مصر، أتاح الفرصة للنظام العلمانى، للقضاء على الحركة الجهادية، وتذويبها واستغلالها لصالحه، مضيفاً: «ندعو إخواننا المجاهدين فى كل مكان سواء فى فلسطين وفى غزة وكل الفصائل المجاهدة فى مصر وغيرها، إلى التحرر مما علق بهم من تلك المناهج الباطلة، التى ما دفعت بالمسيرة الجهادية يوماً إلى الأمام، بل أضعفتها وأضعفت تقدمها وتسببت فى فتنة وقتل العديد من المجاهدين». فى المقابل، دعا أيمن الظواهرى، زعيم «القاعدة»، إلى خطف غربيين وخصوصاً أمريكيين، من أجل تحرير المعتقلين من أعضاء «القاعدة» فى السجون الأمريكية، وأعلن تضامنه مع تنظيم الإخوان فى مصر، بحجة أنهم عانوا من اضطهاد الجيش لهم، قائلاً: «هاجمهم العلمانيون والجيش بأموال الخليج وبتخطيط أمريكى وتحريض إسرائيلى ومؤامرة صليبية». ورداً على سؤال عن كيفية عمل المجاهدين على تحرير المقاتلين المحتجزين، أضاف «الظواهرى» فى الجزء الثانى من مقابلته على شبكة «السحاب» الإعلامية الناطقة باسم «القاعدة»: «أوصيهم بأسر غربيين وعلى الأخص أمريكيين قدر ما يستطيعون، لمبادلتهم بالأسرى».