الواقع يؤكد أن أخر تواجد للجماعات الجهادية داخل مصر فى تسعينيات القرن المنصرم بعدما اشتدت وتيرة العمليات الأرهابية وتم مواجهتها والقضاء عليها بالمعتقلات والمراجعات الفكرية، ولكن عقب ثورة 25 يناير، وخاصة في الشهور الأولى ظهرت رايات سوداء كالتى يرفعها تنظيم القاعدة فى العراق تحت مسمى (دولة العراق الاسلاميه ) ارتبط ظهورها بفاعليات نظمها السلفيين أمام الكاتدرائية بالعباسية والاستعراض الذى نظموه مع باقى الاسلاميين داخل ميدان التحرير المعروفة اعلاميا بمليونية ( قندهار ) مرورا بما حدث مؤخرا فيما عرفت بأحداث ( العباسية ) وظهور الشيخ محمد الظواهرى شقيق الشيخ أيمن الظوا هرى زعيم تنظيم القاعدة، وظهور الشيخ مرجان والذى كان متهما فى قضية العائدون من أفغانستان بمحيط وزارة الدفاع . ويبدو أن الانفلات الأمنى عقب الثورة كان له الأثر الأكبر لظهورهم، حيث قال أبراهيم على محامى الجماعات الاسلامية ان ما يقرب من 3 آلاف من قيادات وكوادر جماعتى الجهاد والجماعة الإسلامية، بينهم شقيق الاسلامبولى، دخلوا مصر بعد رفع أسمائهم من قوائم ترقب الوصول، وأن أغلب هذة القيادات متواجدة فى أفغانستان، الشيشان، البوسنة، الصومال وكينيا، وبعضهم فى أيران ولندن . وأكد أن الجماعة تقوم بتسوية الموقف القانونى لمن صدرت بحقهم أحكام قضائية بالأعدام، من قبل محاكم عسكرية، ليتمكنوا من دخول البلاد بعد رفع أسمائهم من القوائم السوداء، وأضاف أن من أشهر القيادات الخارجية أسامة رشدى، المقيم فى لندن، وحسين شميس، المدان فى قضية محاولة أغتيال الرئيس السابق محمد حسنى مبارك فى أديس أبابا. وقال الناشط القبطى ممدوح رمزى عن هذة الظاهرة، أنها نتاج طبيعى ومتوقع بعد الأنفلات الأمنى، مؤكداً أن التيارات الدينية المتشددة ظهرت بقوة على الساحة المصرية بعد الثورة، كرد فعل لحالة الانفلات الأمنى الذي تمر به مصر والفراغ السياسى الذى صنعته السلطة، موضحاً أن (الرايات السوداء) مرتبطة بالتيارات الجهادية المحاربة لأعدائها، مؤكدا أن مصر لا يوجد بها أعداء لهم، خاصة أن الاسلاميين سيطروا على مجلسى الشعب والشورى، مستبعدا أن يحدث حالات عنف كالتى كانت تحدث ضد السلطة ثم تظهر الفتن الطائفية، غير أنهم قاموا بمراجعات فكرية نبذوا فيها العنف. بينما أكد عبد المنعم الشحات المتحدث الرسمى باسم الدعوة السلفية أن الحديث عن وجود تيارات أسلامية تتبنى العنف من الظلم السياسى البين المقصود به تشويه صورة الحركة الاسلامية، بعد أن أختارهم الشعب المصرى فى انتخابات مجلسى الشعب والشورى . وقال الشحات لو أن مصر بها جماعات تتبنى العنف كما يدعى البعض لاستغلت هذة الجماعات الحالة الحرجة التى تمر بها مصر من أنفلات أمنى ولكانت الخسائر فادحة، مشيرا الى أن أحداث التسعنيات ليست ببعيدة. وانهى اللواء فؤاد علام، الخبير الأمنى، الجدل قائلا أن ظهور مثل هذة الشعارات ما هو الا تقليد أعمى من قبل بعض الشباب المنتمين للجماعات الاسلامية، مرجعا ما يحدث إلى نقص الخبرة فى الحياة السياسية ودخولهم الحياة السياسية بشكل مفاجىْ. وشدد على ضرورة عودة الأمن إلى الشارع المصرى باعتباره الملاذ الآمن والوحيد للعبور بمصر من هذا الوضع المتأزم، مؤكدا على ضرورة خلق حالة من الحوار مع هؤلاء الشباب واحتضانهم بدلا من أتباع سياسة السجن والاعتقال التى كان يتبناها نظام مبارك السابق ,مبديا تخوفه ليس من الجماعات الاسلامية بل من الاوضاع الاقتصادية والاجتماعية المتردية التى تشهدها مصر الأن .