لقد بدأت مشكلة جامعة النيل عقب ثورة 25 يناير حين إنتزع الفريق شفيق أراضي و مباني جامعة النيل وأعطاها لزويل لإنشاء مدينته عليها بدون أي وجه حق، لقد زعم العالم المصري الدكتور أحمد زويل أن أرض جامعة النيل خصصت له وإستمر في نشر الأكاذيب عن الجامعة. لقد لجأ الطلبة إلى جميع الحكومات التي تلت حكومة الفريق أحمد شفيق لمساعدتنا في إسترداد مباني الجامعة لكن دون جدوى، لجأوا إلى حكومة الدكتور مرسي التي لم تحل الأزمة، بالرغم من تأكيد الرئيس مرسي والدكتور هشام قنديل ووزير التعليم العالي مصطفى مسعد على أهميه جامعة النيل العلميه وأنها وجدت لتبقى، بعد أن طرقوا جميع الأبواب وجدوها مغلقة في وجوههم واستمرار تجاهل المسؤلين لهم، قرروا الاعتصام داخل أسوار الجامعة المغتصبة، للفت إنتباه المسؤلين والضغط عليهم لحل المشكلة بأقصى سرعة لأن مستقبلهم ومستقبل الجامعة في خطر، لكن للأسف الحكومة لم تستجيب للإعتصام بل تم فض الإعتصام في يومه ال21 بالقوة الجبريه وتم التعدي على الطلاب بالضرب والسحل وإعتقال 5 من زملائهم، لكن الطلبة لم يستسلموا وقرروا أن يستكملون إعتصامهم خارج أسوار الجامعة. وقال خالد عمر الشريف، أحد الطلبة المعتصمين بجامعة النيل، لقد اعتصمنا أكتر من 130 يوماً ولا تزال الحكومة لا تستجيب لمطلبنا وقد صدر حكم قضائي يوم الثامن عشر من نوفمبر بأحقية جامعة النيل بالمباني والأرض وهذا الحكم يجب تنفيذه فوراً ولكننا تفاجئنا بالحكومة تتباطأ في تنفيذ هذا الحكم وتجاهل زويل حكم المحكمة رغم قوله إنه سيحترم حكم القضاء. فقام زويل بالطعن علي حكم المحكمة منذ قرابة ثلاثة أسابيع، صدر تقرير من هيئة المفوضين يوصي برفض طعن زويل وكنا في إنتظار صدور حكم محكمة برفض طعن زويل في جلسة الأول من يناير الجاري ولكن هذا لم يحدث لقيام كل من السيد الرئيس محمد مرسي و رئيس الوزراء هشام قنديل و وزير التعليم العالي مصطفى مسعد بالطعن في الحكم الصادر لجامعة النيل. وأضاف أحمد اسماعيل خضر، إداري بجامعة النيل، أن الدكتور أحمد زويل دعي يوم الثلاثاء الماضي لمؤتمر لنشر الأكاذيب عن الجامعة وقام بتبرير موقفه من حكم القضاء وأنكر أي علاقة له بالمشكلة، وهو ما دفع الطلبة لتنظيم مؤتمر صحفي مساء اليوم في نقابة الصحفيين للرد على أكاذيب زويل وإصدار بيان رسمي عن كل ما يحدث من تطورات في مشكلة الجامعة .