بعد خروج المادة الموجودة فى الدستور والتى تختص بالأجهزة الرقابية والهيئات المستقلة فيما يتعلق بتعيين رؤسائها واستقلالها وطريقة عملها والضمانات التى تتعلق باستقلالها جاء رأي فقهاء الدستور بأنه لا يوجد تعارض بين تعيين رئيس الجمهورية لرؤساء الهيئات المستقلة والأجهزة الرقابية وبين تأثر استقلالها بذلك لأن علاقة الرئيس والأجهزة الرقابية تنتهى بمجرد تعيين رؤسائها. قال الدكتور ثروت عبد العال أستاذ القانون الدستوري بجامعة القاهرة إن تولي رؤساء الأجهزة الرقابية له طريقتين الأولى الانتخاب أو التعيين، وأن تولي رئيس الجمهورية مسئولية تعيين رؤساء الأجهزة الرقابية لا يعنى الاعتداء على استقلال تلك الأجهزة أو التدخل فى عملهم، أو يكون ولائها لرئيس السلطة التنفيذية، لأنه لم تحدد الجهة المنوط بها طريقة تعيينهم، وكذلك لا يتمتع بأى سلطة على تلك الأجهزة. وأشار عبد العال إلى أنه بعد تعيين رئيس الجمهورية لرؤساء الأجهزة الرقابية تنفصل العلاقة بينهم ويسير كل منهم فى عمله دون تدخل الرئيس فى عمل تلك الأجهزة ،وتصبح مستقلة ، مضيفاً الى أن عدم وجود جهة محددة تتولى تعيين رؤساء الأجهزة الرقابية فإن الرئيس يتولى ذلك لموجب السلطة الممنوحه له فى تعيين كبار موظفى الدولة ، أو مجلس الشعب. وأضاف عبد العال أن إستقلال أى جهاز رقابى لا يتأثر بتعيين رئيس السلطة لرئيسة وإنما الذى يضمن إستقلاله هو الضمانات التى يتمتع بها الجهاز ، وبخصوص رأيه الشخصى فى طريقة تولى رئيس أى هيئة رقابية من خلال الأقدمية المطلقة لرصد إعتبارات العدالة المطلقة. وفيما يختص بتولى القانون تحديد الإختصاصات التى تحدد الضمانات لممنوحة للجهاز وطريقة تعيين رؤسائة وترقيتهم وعزلهم كما جاء فى المادة(203) قال أن المشرع الدستورى يختص بالكليات والعموميات دون التطرق الى التفاصيل التى يتولاها المشرع القانونى والمتمثل فى السلطة التشريعية . بينما يقول الفقيه الدستورى محمد الميرغني أنه لا يوجد تعارض على الإطلاق بين تعيين الرئيس لرؤساء الهيئات القضائية وبين إستقلالية تلك الهيئات ، أو أن يؤدى تعيين الرئيس لهم الى أن يغضو الطرف عن أخطاء السلطة التنفيذية وعلى رأسها الرئيس. فجميع دول العالم يعين الرئيس موظفى الدولى وعلى سبيل المثال قام الرئيس الأمريكى باراك أوباما بتعيين قضاة المحكمة الفيدرالية، ولا يوجد تأثير على إستقلالية وعمل تلك المحاكم. وأضاف أن رئيس الدولة له كل السلطات وفى ذات الوقت لا يوجد له سلطات ،وليس له سلطات مطلقة وإنما يمارس كل سلطاتة طبقا لما هو موجود فى الدستور ، وأن جميع السلطات تنتهي عند رئيس الدولة، وله سلطة تعيين موظفي الدولة بما فيهم القضاة، مشيراً الى أن هناك فرق بين الاستقلال والحياد، وأن تعيين الرئيس لرؤساء تلك الهيئات ليس معناه عدم وجود استقلال أو حياد، كما أشار إلى أنه لو حصلت تلك الأجهزة على استقلال كامل سيحدث أن يكون هناك فساد فيها بلا شك. وشدد المرغنى على ضرورة وجود رقابة من الشعب على تلك الأجهزة لضمان نزاهتها وحيدتها . فى حين قال إيهاب صلاح الدين رئيس قطاع العمليات المصرفية المركزية ببنك التعمير أن الفقرة الخاصة بالبنك المركزى كانت موجودة قبل ذلك ولم يحدث بها أى تغيير، وأن رئيس الجمهورية او رئيس الوزراء كان يتولى تعيين رئيس الجهاز المركزى للمحاسببات قبل ذلك ،لانه لا يتصور أن يكون الرئيس فى اتجاه ورئيس الجهاز المركزى فى اتجاه آخر حتى لا يحدث إضطرابات مثلما يحدث الآن بسبب قرض صندوق النقد الدولى ، بسبب وجود خلافات بين رئيس الجمهورية وبين القوى الإقتصادية . وأضاف صلاح أن إرتباط البنك المركزى فى تحديد السياسة النقدية والإنتمائية والمصرفية وإشرافه على تنفيذها ومراقبته لأداء الجهاز المصرفى لا بد وأن يرتبط بالسياسة الإقتصادية العامة للدولة ، حتى لا يكون الجهاز المركزى فى اتجاه والسياسة العامة للدولة فى إتجاه آخر ويوجد خلل .