تواجه الجامعات الخاصة الكثير من المساوئ، خاصة بعد الثورة ولكن من المسئول عن كل هذه التجاوزات فبعض الطلاب يلجؤون إلى الإلتحاق بها لإرتفاع التنسيق الخاص بالجامعات الحكومية ولكنهم لا يعلمون أنها ليست على نفس مستوى الجامعات الحكومية ودلل بعض المسئولين في هذا المجال أنها غير مجزية ولا توجد بها رقابة على مناهج التدريس الخاصة بها وأيضا على الجانب المادي. فنحن الآن تحت تأثيرات ضغوط لا نعلم الخروج منه ولكننا متضطررين على مسايرته، فإلى متى سنظل مجبرين على أشياء لا يمكننا الإستغناء عنها. وهو ما وصفه الدكتور صفوت العالم، استاذ الإعلام بجامعة القاهرة قائلا "أن يوجد بعض الجامعات الخاصة تقوم على إقتصاديات التشغيل وبالتالي حجم المصاريف المطلوبة من الطلاب أو قد تكون هذه العملية غير منطقية ففي بعض الجامعات التي تقوم بتدريس الطب يحرصون على رفع المصاريف وإجبار أولياء الأمور للإلتحاق بها وقد تقل عن الدرجات المفترضة من الجهات المسئولة والناتج من هذا القرار إنخفاض مستوى الخريج فبعض الكليات يلزم الدارس فيها إلى تدريب إكلينيكي وقد لا يتوفر كما يجب. وأضاف إن بعض الجامعات تستخدم مسميات جديدة للتخصصات القديمة، فمثلا يقال على كليات الإعلام في معظم الجامعات الخاصة تكنولوجيا الإعلام وأيضا كلية الإنتاج وتصنيع الدواء على كليات الصيدلة، فالطالب يبدو أمام مقررات وتخصصات جديدة وعادة ما تكون تقليدية. كما طالب المسئولين بالإهتمام على رقابة العملية التعليمية والمادية في هذه الجامعات، مشيرا إلي أن الجامعات والمعاهد الخاصة تواجه مشكلات عديدة في إنخفاض مستوى الدارسين والأساتذة، فضلا عن الكتب التي لا تتوفر فيها المادة العلمية بشكل جيد فالمناهج غير متطورة. وطالب "العالم" بالرقابة على المصروفات مع وضع ضوابط صارمة تحكم هذه المصروفات وكذلك على المناهج والساعات الدراسية والشعارات العلمية وتطوير الكتب. فيما قال د.عيد الدسوقي، استاذ تطوير المناهج في جامعة القاهرة، إن هناك الكثير من الميزات الخاصة بتلك الجامعات والمعاهد الخاصة لتقديم خدمات كثيرة لجذب الطلاب من خلال توفير كل ما يحتاجه الطالب من خدمات تعليمية ونفسية وخلق أقسام جديدة لتلبية إحتياجاتهم. كما أضاف "الدسوقي" أن الرقابة موجودة بطريقة عملية جيدة علي المناهج الدراسية ولكن يوجد بعض التفاوت في النواحي المادية ولا يوجد إستيعاب لمجموع الطلبة في الجامعات الحكومية لقلة وجودها فلا يوجد تكافؤ من ناحية عدد الطلاب وعدد الجامعات وحتى الخاصة منها يوجد بها مقاييس للمجموع مثل التنسيق لدى الجامعات الحكومية ولكل هذا لا أرى مساويء في الجامعات الخاصة. وأشار د. أيمن أبو حديد، أستاذ تطوير المناهج، إلي أن معايير الجودة في هذه الجامعات نظرية ولن تطبق في الواقع العملي بالطريقة المطلوبة، فإذا نظرنا إلى الجانب المادي فإن الإلتزام المادي الذي يقدمه الطالب للإلتحاق بهذه الجامعات لا يتماشى مع خدماتها. وأفاد "أبو حديد" أن مسميات المواد الدراسية مختلفة إلى حد ما، ولكن المحتوى مثل محتويات المواد الدراسية الحكومية وبالنسبة لخريج الجامعات الخاصة فهو أقل مهنيا بكثير عن خريج الجامعات الحكومية مع العلم أن التعليم الحكومي تعليم تقليدي وليس به جديد ومن ناحية المجموع المراد للإلتحاق بالجامعات الخاصة فهو ليس بقليل بالنسبة للكليات الحكومية. وطالب "أبو حديد" المسئولين بالإهتمام بالجانب العلمي الذي يقدم في هذه الجامعات ومستوى الإمتحانات التي تقدم في هذه الجامعات كما أن هذه الجامعات تستثمر من أخطاء الحكومية من إرتفاع درجات القبول لكليات القمة وطالب مسئولي التعليم العالي وواضعي الإمتحانات الإنتباه لوضع الطلبة وأولياء الأمور. وأوضح د. كمال مغيث، الخبير التربوي أن ما يحدث في الجامعات الخاصة يعتبر تجاوزا للدستور الذي ينص على أهمية تكافؤ الفرص وإتهم هذه الجامعات بتلاعبها بالقوانين، مضيفا أنه عند إنشاء هذه الجامعات تعهدوا بالإلتزام بالقوانين التعليمية ولكنهم الآن لم ينفذوها في الماديات وأيضا قبول الدارسين بدرجات منخفضة وعدم تماشي الخدمات المقدمة من قبل هذه الجامعات مع ما يقدمه الطالب من الناحية المادية وحتى عند التخرج، فإن كانت هناك مقارنة بين طالب تخرج من جامعة خاصة بطالب متخرج من جامعة حكومية سنرى فارق كبير في المستوى التعليمي المقدم في الجامعات الخاصة لا يليق بما يقدمه الطالب ولا يتناسب حتى مع الجامعات الحكومية. وأكد "مغيث" أنه إذا ما نظرنا إلى كليات الطب فجميعها لن تتوافر فيها مستشفى جامعي وكل هذا يؤثر على مستوى الطالب وكفاءته، كما يوجد إنهيار لمستوى الكفاءة في الجامعات الخاصة بوجه عام في ظل الرغبة في الحصول على الربح والتركيز على المكاسب المادية.