تباينت ردود الأفعال حول قرار الدكتور محمد مرسي رئيس الجمهورية المنتخب بالعفو عن بعض رموز التيارات الإسلامية الموجودين في السجون المصرية، حيث يرى البعض أن هذا يمثل بداية عودة أحد أذرع الإرهاب داخل مصر؛ والبعض الآخر يرى أنه حق مشروع انتظر كثيرا خاصة بعد سقوط النظام السابق وصعود التيار الاسلامى بمختلف توجهاته للحكم. دكتور محمد حبيب نائب رئيس حزب النهضة يرى أن العفو منقوص فيجب أن يشمل كل المدنيين ممن حكم عليهم بالمحاكم العسكرية والمدنية ابان الثورة، وأضاف ان ما اذيع في بعض الصحف ان العفو شمل من هم خطرا على الأمن القومي والأمن العام عار من الصحة ويجب التأكد من تاريخ كل من شملهم العفو. وعلى الجانب الآخر يقول أبوالعز الحريري المرشح السابق لرئاسة الجمهورية وأحد مؤسسي حزب التحالف الشعبي الاشتراكي أن هذا العفو كارثة بكل المقاييس لأن هؤلاء لم يدخلوا السجن لأنهم مسلمين يتبعون الجماعات الإسلامية بل لأنهم إرهابيون؛ متسائلا لماذا لم يشمل العفو شباب الثورة وإسقاط العقوبة عنهم؟ حيث كانت كل جريمتهم انهم طالبوا بالحرية والعدالة الاجتماعية ابسط الحقوق الآدمية. وأضاف الحريري ان سجون مصر حاليا تحوى بداخلها ما يقرب من 12 الف من شباب الثورة المعتقلين وان اكثر من 95% منهم سجنوا ظلما بسبب تواجدهم بين في ميدان التحرير وميادين مصر ابان الثورة وغالبهم لم يتم تقديمه للمحاكمات، في حين ما كان من الدكتور مرسى الا العفو عن إرهابيين تأمروا على مصر وأمنها القومي، لذا أطالب بالعفو الشامل عن هؤلاء الشاب اللذين كان كل خطأهم تواجدهم بتلك المظاهرات. حسب قوله. وأضاف الحريري قائلا: إن المجلس العسكري يملك صلاحية إصدار تشريع بقانون يقضي بالعفو عن الشباب المعتقلين سياسيا بحكم امتلاكه سلطة التشريع وبالتالي يقع جزء كبير من المسؤولية على عاتقه بجانب الدكتور مرسي. وطالب عبد الرحيم علاء 26 سنة من شباب الثورة بالعفو الشامل عن كل المعتقلين السياسيين خاصة الشباب، مضيفا بان العفو هذا جاء بناء على المصلحة والعلاقات بين الجماعة بعضها البعض وليس كما أذيع بشأن شهر رمضان حيث تم تكريم هؤلاء نظير مجوداتهم لإخراج التيار الاسلامى وإحلاله محل الحزب الوطني لكن شباب الثورة مازال يقبع في السجون ويحاكمون وكأنهم اقترفوا جريمة. وأضاف قائلا: من الأولى للدكتور مرسي ان ينظر بعين الرأفة لشباب الثورة في السجون محتجزي القطبان وشباب الثورة بالخارج محتجزي الكرامة والإنسانية فليس السجن قطبان وبالتالي يكون أولى اهتماماته في النهوض بالدولة وشبابها ولا يكبل هؤلاء الشباب ويترك العجائز الهرم طلقاء إتباعا للمصلحة والعلاقة. يذكر أن الدكتور محمد مرسى اصدر قرارا رئاسيا بالعفو عن 26 معتقل من مختلف التيارات الإسلامية بتاريخ 26 يوليو بمناسبة حلول شهر رمضان ونشر هذا القرار بالوقائع المصرية وهي الجريدة الرسمية بتاريخ الثلاثاء 31 يوليو ليشمل 8 متهمين في قضية التنظيم الدولي للإخوان المسلمين إلى جانب 18 من قيادات وأعضاء تنظيم الجهاد والجماعة الإسلامية، الذين غادر معظمهم السجون بالفعل تنفيذاً للقرار وكان أبرزهم الدكتور وجدي غنيم المقيم في قطر، إبراهيم منير القيادي الاخوانى المقيم في لندن، الدكتور توفيق الواعى القيادي الإخوانى، إبراهيم فاروق محمد الزيات رجل الأعمال الإخوانى المقيم فى ألمانيا، والداعية السعودي عوض القرنى ويوسف ندا مفوض العلاقات الخارجية السابق بالجماعة، المهندس على غالب محمود همت سورى الجنسية وغيرهم، بالإضافة إلى قيام الدكتور مرسى بتخفيف عقوبة الإعدام المحكوم بها على شعبان عبد الغنى هريدى بالسجن 15 سنة.