قال عمرو علي، القيادي بتكتل القوى الثورية الوطنية، أن الرئيس السيسي فكر في تعيين فايزة أبو النجا كمستشارة للامن القومي على طريقة الرئيس الامريكي الاسبق كيندي، والذي نظر إلى المنصب على انه موجه للسياسة الخارجية، وهو ما اتبعه كيندي عندما عين مستشاره ماك جورج بوندي1961 وهو ما أتى ثماره في استشاراته في أزمة الصواريخ الكوبية، على عكس ايزنهاور الذي نظر الى هذا المنصب على أنه موجه للتخطيط السياسي. وأضاف علي، أن السيسي اختار فايزة ابو النجا لأنه ينظر للأمر كما نظر له كيندي، واعتبر مستشاره للأمن القومي رسولا خاصا منه، وأن يُصبح المبعوث الشخصي للرئيس لدى الوفود الأجنبية، مؤكدًا أنه بذلك يُمكن أن يتدخل في المفاوضات الهامة، لذلك كان السيسي يفكر في ابو النجا بحكم تاريخها المبني على العلاقات الدولية والتفاوض وهي التي شغلت ما بين عامي 1999 الى 2001 منصب مندوب مصر في مؤتمر نزع السلاح، بالإضافة إلى مشاركتها كممثلة لمصر في مؤتمر مراجعة معاهدة منع انتشار الأسلحة النووية في نيويورك 2000، وخلال الفترة من 1997 حتى 1999، شغلت فايزة أبو النجا منصب نائب مساعد وزير الخارجية للعلاقات الأفريقية الثنائية، وفي عام 1987، انضمت أبو النجا إلى فريق الدفاع المصري برئاسة السفير نبيل العربى في لجنة هيئة تحكيم طابا في جنيف.