تعد محمية بحيرة قارون الملاذ الآمن الدافئ لعشرات الآلاف من الطيور الهاربة من شتاء أوروبا القارص، وتشهد جزر المحمية موجة إكثار الفراخ الصغيرة لتلك الطيور طوال وجودها وهجرتها إلى مصر خاصة على جزيرتي حمود والقرن الذهبي داخل المحمية فالأولى مساحتها كيلو متر مربع والثانية 376 فدانا. يعتبر طائر الفلامنجو، ويعرف باسم' الفنتير"،' ويعيش طائر الفلامنجو الكبير، وهو النوع الأكثر انتشاراً من بقية الأنواع، في شمال غرب الهند وفي الشرق الأوسط وفي غرب البحر المتوسط وفي أفريقيا، ولا تعتبر من الطيور المهاجرة، ولكنها تضطر أحياناً للهجرة نتيجة لتغيرات الطقس وانخفاض مستويات الماء في موطنه فيبدأ في البحث عن أماكن جديدة تتلاءم معه، وقد تم رصد حركة الفلامنجو بواسطة أجهزة البث الأرضي والفضائي وأشارت البيانات الأولية إلى وصول الطيور فى هذا اليوم من كل عام، للتكاثر . يذكر أنه تم رصد 88 نوعاً من الطيور داخل المحمية أهمها النورس القزرقطي، والخطاف، وأبو معلقة، والبط، والصقور.