على غير ما يتوقع الكثيرين أيدت حركة 6 إبريل الدكتور محمد مرسي بعدما رجح الكثيرون أن تنضم لمعسكر مقاطعة الإنتخابات، فلماذا إتخذت الحركة هذا الموقف؟ ولماذا انضمت لمؤيدي "مرسي"؟. يقول معاذ عبدالكريم عضو الحركة أنه بالفعل يوجد خلاف مع جماعة الاخوان المسلمين لكن اذا كان الاختيار بين مرشح الاخوان وأحد أفراد النظام السابق، فما علينا الا اختيار الدكتور محمد مرسي مرشح الاخوان المسلمين، ولا ينبغي أن نخرج عن الشرعية باختيار شخص من خارج الصندوق، وقد طالبنا الاخوان المسلمين من قبل بانشاء فريق يمثل جميع القوى الثورية. مشيرا في ذات الوقت إلى التخوفات التي لديهم من انفراد الاخوان بإدارة شئون البلاد. أما الدكتور عزب مصطفى القيادي بجماعة الاخوان المسلمين فقد أوضح أنه من المفترض على جميع القوى السياسية التصويت لمرشح الثورة ولا خيار الا الدكتور محمد مرسي ولا يصح التصويت لأحد أفراد النظام السابق وانتاج النظام القديم. مؤكدا على أنه يجب أن يقف كلا منا عند مسئوليته الوطنية والانحياز لمرشح الثورة، ومن يريد المقاطعة فسوف يصب ذلك في صالح "شفيق" ونحن الان في حاجة إلى التوحد لاستكمال مطالب الثورة ومن الممكن أن نكون كجماعة أخطأنا في بعض القرارات ولكن يوجد فرق شاسع بين الخطأ والخطايا. ومن ناحيته ثمن الدكتور أسامة ياسين القيادى بالإخوان قدر حركة 6 ابريل ودورها الوطني وتحركهم بأجندة وطنية وأكد أن حركة 6 ابريل فصيل وطني يريد استكمال مسار الثورة وبالتالي حينما إنحسرت الاعادة على مرشح وطني من الثوار الحقيقيين ومرشح اخر ينتمي للنظام السابق فعلينا جميعا الالتفاف حول مرشح الرئاسة الثوري وقد جلسنا معا أكثر من مرة وكان من شروطهم التأكد من وجود شراكة حقيقية في المستقبل وقد تم التأكيد على ذلك عبر البيانات والمؤتمرات الخاصة بالدكتور محمد مرسي الذي دعا فيها إلى حكومة شراكة وطنية عرفوا اننا نبحث عن قوى ثورية. وعن وجود إختلافات عميقة بين الحركة وجماعة الإخوان أوضح "ياسين" أنه لا توجد فجوة بيننا وبين شباب الثورة، احيانا قد نتفق واخرى نختلف وحينما اتهمت حركة 6 ابريل بأنها تمول وتدعم من الخارج وقفنا معهم وطالبنا من قام باتهامهم بالدليل. ونحن جميعا في مربع الثورة نحترم بعضنا لبعض وسوف نكون وقد كنا في وقت الجد شيء واحد، لاننا نمثل قوة واحدة تعبر عن الشعب المصري. وقال " محمود عفيفي "القيادي بحركة 6 إبريل : "اننا في وقت لا يوجد بديل عن دعم الدكتور محمد مرسي رئيسًا للجمهورية ، لان فوز "شفيق" يعتبر انتكاسة للثورة وقد رأينا أن دعمنا ل"مرسي" هو الوسيلة الجدية ضد "شفيق" ومن الطبيعي وجود خلافات سياسية لكننا نعلم بقوة الاخوان المسلمون وكونهم فصيل معنا في الميدان أثناء الثورة ولم نعلن في المرحلة الاولى لانتخابات الرئاسة على تدعيمنا لمرشح معين وبعد حدوث هذه التصفية قمنا بالتصويت الداخلى فى الحركة ووجدنا أغلبية الأصوات ل"مرسي" ومن هنا قمنا بالاعلان عن هذا الدعم.