قام جهاز شئون البيئة برصد نوعية الموارد المائية متمثلة فى نهر النيل والمياه الساحلية وهى من أهم الأسس التى تبنى عليها القرارات السياسية والإدارية الخاصة بتلك الموارد يقوم جهاز شئون البيئة برسم السياسة العامة وإعداد الخطط اللازمة للحفاظ على البيئة وتنميتها ، وهى من اهم الإجراءات التى تبنى عليها جميع برامج تحسين وتنمية الموارد البيئية فى مصر وذلك من خلال حصر المؤسسات والمعاهد الوطنية وكذلك الكفاءات التى تساهم فى إعداد وتنفيذ برامج المحافظة على البيئة والاستفادة منها فى اعداد وتنفيذ المشروعات والدراسات وكذلك جمع المعلومات القومية والدولية الخاصة بالوضع البيئى والتغييرات التى تطرأ عليه بصفة دورية بالتعاون مع مراكز المعلومات فى الجهات الأخرى وتقويمها واستخدامها فى الإدارة والتخطيط البيئى ونشرها وذلك إستناداً على ما جاء بالمادة رقم 5 من القانون رقم 4 لسنة 1994 والمعدل بالقانون رقم 9 لسنة 2009وإستناداً الى بعض المواد الواردة بقانون 48 لسنة 1982 والتى تعطى الحق لبعض الوزارات فى مراقبة نوعية المياه واخذ العينات بصفة دورية وتحليلها للتأكد من تحقيق الضوابط والمعايير الواردة باللائحة التنفيذية بالقانون ، وكذلك إتاحة تلك البيانات للجهات المعنية لإتخاذ الإجراءات التصحيحية فى حالة مخالفة نتائج الرصد للمعايير من هذا المنطلق تتم عملية تبادل بيانات رصد نوعية الموارد المائية فى مصر بين كلاً من " وزارة الموارد المائية والرى متمثلة فى المعاهد البحثية المتخصصة ووزارة الصحة متمثلة فى مركز الرصد البيئى ودراسات بيئة العمل ووزارة الدولة لشئون البيئة متمثلة فى جهاز شئون البيئة " والذى أصبح ضرورة ملحة فى ظل التطورات التى تحدث بسرعة كبيرة فى مجال التنمية الصناعية وتنوع المخلفات التى تنتج من إستحداث صناعات جديدة. و يتم رصد نوعية مياه نهر النيل من خلال :شبكة وزارة الدولة لشئون البيئة و تشمل 69 موقع رصد على طول مجرى نهر النيل و تختص برصد تاثير مصادر الصرف المختلفة خاصة الصرف الصناعى على المجارى المائية و كذلك رصد النقاط الساخنة على المصارف حيث يقوم على تنفيذ هذا البرنامج كل من المعمل المركزى لجهاز شئون البيئة و معامل الفروع الاقليمية التابعة له و شبكة وزارة الموارد المائية و الرى و تشمل 232 موقع رصد تشمل بحيرة ناصر و نهر النيل بفرعيه و الرياحات و الترع الرئيسية و المصارف الزراعية باقاليم مصر العليا و الوسطى و الفيوم و الدلتا بالاضافة الى 203 نقطة مراقبة للمياه الجوفية بالخزانات المختلفة موزعة على مناطق الجمهورية حيث يقوم بتنفيذ برنامج الرصد الدورى المركز القومى لبحوث المياه بوزارة الموارد المائية و الرى من خلال المعاهد المتخصصة التابعة للمركز.و شبكة وزارة الصحة و تشمل 169 موقع لرصد مياه نهر النيل و فرعية و بعض الترع الرئيسية و تعتنى بصفة خاصة بماخذ محطات مياه الشرب و ينفذ هذا البرنامج مركز الرصد البيئى و دراسات بيئة العمل كما يتم رصد نوعية المياه الساحلية فى مصر من خلال :معهد علوم البحار والمصايد حيث يقوم بتنفيذ اربع رحلات حقلية خلال العام لرصد نوعية المياه بسواحل البحر الاحمر وخليجى السويس والعقبة بصفة موسمية فى 22 محطة رصد تغطى كافة الانشطة السكانية والتنموية بواقع 8 محطات على ساحل البحر الاحمر و8 محطات على خليج السويس و6 محطات على خليج العقبة و كما يقوم معهد الدراسات العليا و البحوث بجامعة الاسكندرية باجراء عمليات الرصد الخاص بنوعية مياه البحر المتوسط و ذلك باخذ عينات المياه لعدد 30 موقع تغطى كافة الانشطة المؤثرة من مناطق التجمعات السكنية و الموانىء الصناعية و القرى السياحية .