منذ تولى الدكتور طلعت عفيفي وزارة الاوقاف أي ما يقرب من 150 يوم وهو يسعى إلى اخونة الأوقاف عبر الإطاحة عبر قيادات الوزارة واستبدالهم من قيادات جماعة الاخوان . وأكد الدكتور محمد البسطويسى نقيب الائمة والدعاة، بأن عفيفى قام بتعيين قيادات بالوزارة من خارج بيت الاوقاف من أبرزهم الدكتور جمال عبد الستار وكيل وزارة الاوقاف لشئون الدعوة الذى كان يعمل دكتور بكلية الدعوة جامعة الازهر وله ميول حزبية. والدكتور عبده مقلد مستشار وزير الاوقاف الذى كان يعمل دكتور بجامعة الازهر، وايضا الدكتور اسامة كامل رئيس هيئة الاوقاف الذى قام انتدابه من كلية الزارعة جامعة الازهر رغم ان هيئة الاوقاف هيئة اقتصادية كبير وتقوم بادارة عدد كبير من افدنة وأراضى الاوقاف ..فكيف باستاذ من كلية الزراعة يتولى ادارة هذه الهيئة؟ . كما أنه قام بتعيين الدكتور صلاح سلطان كأمين عام للمجلس الاعلى للشئون الاسلامية على الرغم انه كان يعمل استاذ بكلية دار العلوم جامعة الازهر ولم يكن يعمل من قبل فى الأوقاف . والامر الذى يدعو للدهشة قيام الدكتور طلعت عفيفى بتعيين الدكتور محمد البسيطويسى مستشارا له لشئون المساجد فى نفس الوقت الذى يعمل فيه مدير عام ادارة المساجد الحكومية وذلك بالمخالفة للقانون الذى ينص على :" لا يجوز لموظف الحكومة ان يجمع بين وظيفتى " . وأضاف البسطويسى أن وزير الاوقاف وعد كثيرا بتحقيق وضع مادى متميز للامام ولم يفى بوعده حتى الان فى حين انه يعلم تمام العلم ان الامام الذى يعمل منذ 20 عاما يحصل على 500 جنيه شهريا . وعلى الجانب الاخر قال الدكتور محمد ابو حطب وكيل وزارة اوقاف الاسكندرية السابق انه ظل معتصم بالوزارة على مدار 3 ايام متالية احتجاجا على نقله بشكل تعسفى من محافظة الاسكندرية إلى محافظة كفر الشيخ كوكيل وزارة الاوقاف لشئون البر ثم بعد اقل من اسبوع تم نقله كمدير عام لمديرية اوقاف المنيا، مشيرا إلى انه تقدم بعده تظلمات لوزير الاوقاف فأشار اليه الوزير إلى أن نقله تم لصالح وخدمة العمل، مضيفا انه من سكان كفر الشيخ وكيف يترك اولاده الصغار ويعمل بالمنيا فى حين انه لم يرتكب اى مخالفات اثناء عمله . وأضاف أبو حطب أنه من أسباب نقله هو اكتشافه تعيين 5 الاف عامل بالأوقاف بالتزوير وتورط بعض قيادات الوزارة فى هذا الامر. وطالب ابو حطب الرئيس محمد مرسى بالتدخل الفورى لمعرفة اسباب نقله الذى تم بشكل تعسفى وبدون ذكر اسباب منطقية مسبقة مضيفا ان الوزير يهدف حاليا بالاطاحة بقيادات الوزارة واستبدالهم بقيادات من جماعة الاخوان حيث تم استبعاد الدكتور صلاح البرى مدير عام اوقاف البحيرة بدون اى وجه حق، ووضع الشيخ عبد الغفار بدر بدلا منه وذلك لانتماءه السياسى . كما انه أصدر جواب بنقل الدكتور صبرى عبادة وكيل وزارة أوقاف الغربية، إلى محافظة أسوان بدون ارتكابه أى مخالفات قانونية الامر الذى جعل الدكتور عبادة لم يقم بتنفيذ قرار النقل حتى الان نظرا الى هذا الظلم البين . كما انه قام بالإطاحة بالدكتور كمال البربرى مدير عام اوقاف السويس، نظرا لاكتشافه بعض المخالفات بمحافظة السويس ومتورط بها قيادات من وزارة الاوقاف فاطاح به الوزير . كما أنه قام بنقل الدكتور عبد الناصر نسيم مدير عام أوقاف المنيا بشكل تعسفى إلى مديرية أوقاف الغربية .