شأنها شأن بقية بحيرات مصر شمالا وجنوبا، تعرضت بحيرة قارون للتعديات، والإهمال رغم أنها تعد من أقدم البحيرات الطبيعية فى العالم، وهى البقية الباقية من بحيرة موريس القديمة، تتميز هذه المحمية بوجود تكوينات جيولوجية هامة علميا وتاريخيا، وبها مجموعات نباتية متنوعة، ويتوافد إليها الكثير من الطيور المهاجرة والمقيمة، كما تعتبر من البحيرات الداخلية التى لا تتصل بالبحر، ويغذى البحيرة مصرف البطس ومصرف الوادى واثنا عشر مصرفا فرعيا آخر، وقد تبين أن هذه المصارف تغذى بحيرة قارون بحوالى 69% من مياه الصرف بمحافظة الفيوم. كانت مياه البحيرة عذبة ومصايدها مزدهرة حتى عهد قريب، ولكن قل إنتاجها من الأسماك النيلية بسبب حرمانها من مياه الفيضان، المحملة بالمخصبات كالنترات والفوسفات الضرورية لزيادة الإنتاج الأولى، بالإضافة إلى زيادة معدل البخر بحرارة الشمس نظرا لاتساع رقعة البحيرة، وتراكم أملاح مياه الصرف بالبحيرة.