أثار هجوم الدكتور نجيب جبرائيل رئيس منظمة «الاتحاد المصرى لحقوق الإنسان»، والأستاذ إبرام لويس مؤسس رابطة «الاختطاف والاختفاء القصرى» على المجلس الاستشارى القبطى ردود فعل واسعة بين أعضاء المجلس، مما دفع البعض إلى نفى إقالة الأستاذ نجيب جبرائيل وتأكيد البعض الآخر إقالته حيث إن أعضاء المجلس الحاليين أصبح الانقسام بينهم السمة الواضحة بغير الهدف الذى جاءت فكرة المجلس من أجله، وهى وحدة الرأى والصف داخل المنظمات والائتلافات القبطية مما دعانا إلى البحث بين أعضاء المجلس للوقوف على حقيقة الخلاف والبحث عن أسبابه، ووجدنا أن البعض لديه الثقة فى إثبات جدية أهداف المجلس والبعض الآخر متشكك فى أهداف المجلس وإمكانية استمرار المجلس من عدمه وحول هذا المجلس كان هذا التحقيق. المجلس طفل مبتسر فى البداية أكد المفكر كمال زاخر أن المجلس طفل وليد مبتسر يلزمه الوقت الكافى للاعتناء به، وهو مايدعو إلى التمهل فى أخذ القرارات واستبيان المواقف، مؤكدا أن المجلس يدعو إلى وحدة الصف والرأى داخل المجتمع القبطى ليقوم بتقديم الاستشارات وإيضاح الرؤى بالنسبة للائتلافات والمنظمات العاملة على القضايا القبطية، ولا يسعى المجلس إلى التناحر على السلطة أو الزعامة؛ أضاف: إن المجلس لايتلقى أى تمويلات خارجية ولكنه يعتمد على تبرعات أعضائه والدليل على ذلك عدم وجود مقر للمجلس حتى الآن، وإنما نجتمع بمقرات الائتلافات المنضمة للمجلس حيث إننا لدينا 35 ائتلافا ومنظمة، كذلك فإن المجلس يدعو إلى الخروج بالشباب من خلف أسوار الكنيسة ودمجهم فى المشهد السياسى لتعود الكنيسة مرة أخرى إلى دورها الرعوى والروحى. عضو غير متحمس التقينا بالمفكر القبطى مدحت بشاى الذى وصف نفسه بأنه عضو غير متحمس لأنه بعد أن اشترك فى المجلس الاستشارى القبطى اكتشف أنه بلا خطة محددة ولا آليات فعالة للوصول إلى المستهدفين، وأضاف أن أعضاء المجلس غير متجانسين باستثناء كمال زاخر والدكتور عماد جاد، فالآخرون لهم أفكار أخرى وغير واضحة، وأضاف أن موقف المجلس باهت جدا إزاء مشاكل مثل دهشور وتهجير المسيحيين برفح فلم يصدر عنه مجرد بيان إزاء هذه الأحداث الساخنة، كما أن المجلس ليس له دور سواء فى انتخابات البابا أو فى القضايا العامة. أضاف بشاى أنه يؤخر تقديم استقالته على أمل أن يأخذ المجلس خطى فعالة أو مواقف واضحة بعد مرور فترة التأسيس، فالمجلس كفكرة نظرية جيد ولكن فى حاجة للتحرك والتواجد الطائفى. أما الدكتور نجيب جبرائيل رئيس منظمة الاتحاد المصرى لحقوق الإنسان فأكد سعادته الغامرة لأن مؤسسى المجلس الاستشارى القبطى قاموا بتجميد عضويته بالمجلس، مشيرا إلى أنه لم ينضم فعليا لهذا الكيان الوهمى الطائفى بل فوجئ بوجود اسمه من ضمن الأعضاء بهذا المجلس الذى يرى أنه يكرس الطائفية والانعزال عند الأقباط، فلماذا يكون مستشارو الأقباط فى مشكلاتهم العامة أقباطا وليسوا مواطنين مسلمين ليبراليين يؤمنون بالدولة المدنية، فهذا أفضل بكثير من الأغلال الطائفية التى تدل على عدم الحنكة السياسية، ولن يستفيد الأقباط من وجوده أو عدمه شيئا. وهو الأمر الذى يتفق فيه تقريبا مع إبرام لويس الذى انسحب برابطته من المجلس.