في أول ظهور له عقب إجرائه جراحة بتر لإحدى ساقيه، أهاب الشيخ أبو إسحاق الحويني عبر فضائية الناس بكل المصريين تأييد الدكتور محمد مرسي في الجولة النهائية من الانتخابات الرئاسية. وقال الحويني: إن الدكتور مرسي له برنامج واضح، وأشار إلى أنه لا يرى عذرا لأي أحد في الامتناع عن التصويت له، أو القيام بإبطال صوته، أو الجلوس في بيته دون الذهاب للإدلاء بصوته.