أكدت منظمات دولية، أن حكومة البحرين تجاهلت معظم توصيات مجلس حقوق الإنسان التابع للأمم للمتحدة، كما أنها لم تلتزم بتنفيذ توصيات اللجنة البحرينية المستقلة لتقصي الحقائق. وقدمت 19 منظمة دولية حقوقية وعمالية، تقاريرها الموازية لمجلس حقوق الإنسان، في إطار الاستعراض الدوري الشامل الأول لها في العام 2008 لمناقشة أوضاع حقوق الإنسان في البحرين، والتي ستناقش بموجبها البحرين، تقريرها بتاريخ 21 مايو/ أيار المقبل، أمام مجلس حقوق الإنسان بجنيف. وذكرت منظمات دولية، أن انتهاكات عديدة وقعت بعد انتهاء فترة السلامة الوطنية، بما في ذلك الاعتقال التعسفي للمتظاهرين وإقامة نقاط تفتيش خارج القرى التي استهدفت بعضها المدنيين بسبب محتويات هواتفهم النقالة، ناهيك عن مداهمة عدد من المنازل وتدمير ممتلكاتهم أو مصادرتها، والتعرض لسوء المعاملة قبل وبعد عمليات القبض. كما انتقدت منظمات حقوقية، سياسة الإفلات من العقاب من قبل المسؤولين عن سوء المعاملة والتعذيب، وأشارت إلى أن القانون البحريني لا يحظر صراحة استخدام التعذيب وغيره من ضروب سوء المعاملة. من جانبها، ذكرت منظمة العفو الدولية أن البحرين لم توقع على اتفاقية الاختفاء القسري، على الرغم من موافقتها على توصية في هذا الشأن. وأفادت أنه تم اعتقال أكثر من ألف شخص منذ بدء الاحتجاجات، وأنه في جميع الحالات تقريبا كان مكان وجود المعتقلين لايزال مجهولا لعدة أسابيع بعد إلقاء القبض عليهم. فيما انتقدت «فرونت لاين» المحاكمات التي يتعرض لها الكادر الطبي، وأنه بالإضافة إلى ذلك، تم تغيير رؤساء 21 من أصل 23 مركزا صحيا، وتم الاستخدام المفرط للقوة أثناء القبض عليهم، ناهيك عن تعرض هؤلاء للتعذيب وسوء المعاملة والتي لم يتم التحقيق فيها جدياً من قبل المحكمة، بحسب المنظمة. وذكرت منظمة إنهاء التعذيب وجبر ضرر الضحايا (REDRESS)، أن البحرين شهدت على مدى الأشهر الماضية، زيادة في حالات التعذيب، وذكرت منظمات دولية أخرى، أن منظمات المجتمع المدني البحرينية وثقت أكثر من 1800 حالة لأفراد تعرضوا للتعذيب منذ فبراير 2011، وان ما لا يقل عن أربعة معتقلين لقوا حتفهم أثناء فترة اعتقالهم. كما أكدت منظمة حقوق الإنسان أولاً، وجود أدلة على تعرض مدافعين عن حقوق الإنسان لسوء المعاملة في الاعتقال، مشيرة إلى منع مندوبها من الحضور للمراقبة في محاكمة 21 ناشطاً سياسياً وحقوقياً، في مايو/ أيار 2011. وأعربت منظمة الدفاع عن ضحايا العنف، عن قلقها من هدم المساجد، مؤكدة على ضرورة صدور أحكام بتعويض وإعادة بناء المساجد التي تم هدمها. وقدرت هيومن رايتس ووتش اعتقال ما لا يقل عن 1600 شخص منذ منتصف مارس 2011، وأن أغلب التهم التي وجهت لهؤلاء، هي المشاركة في احتجاجات غير قانونية.
