بسبب التنظيم السييء للجان الفرز ببنى سويف نشبت مشادات بين القضاه وقيادات الجيش المسؤلة عن تأمين مقر عملة الفرز ببنى سويف نتيجة لتنبأ المؤشرات الأولية عن وقوع تزوير واصوات باطلة تكاد تصل نسبتها الى 8% بينما كانت نسبة التصويت 48% تبعا لتقارير لجنة الفرز . ومن جانبه قام رئيس لجنة الفرز ببنى سويف بمنع دخول الصحفيين ومندوبى المنظمات المدنية لمقر لجنة الفرز لحين التحقيق فى أمر الأصوات الباطلة .
وقد أشارت التوقعات بتقدم الإاخوان المسلمين (الحرية والعدالة ) ويلوهم على الترتيب حزب النور (السلفيين ) ببنى سويف .