قضت المحكمة العسكرية ببراءة جميع متهمي أحداث 28 يونيو بالتحرير، وذلك في الجنايات أرقام 699، 700، 701، 704 لسنة 2011 جنايات شرق عسكرية، وعدهم 29 متهمًا. وكانت النيابة العسكرية قد وجهت لهم اتهامات باستعمال القوة والعنف، وتهديد موظفين عموميين مكلفين بخدمة عمومية، وهم ضباط، وأفراد وزارة الداخلية المعنيون بتأمين مبنى الوزارة، مرددين بعض الهتافات العدائية، وهاجموا القوة ولم يبلغوا مقصدهم.
يذكر أن القضايا تداولت في جلسات متعددة بالمحكمة العسكرية المركزية، وتم استدعاء الضباط المكلفين بضبط المتهمين، وناقشتهم المحكمة، ومن خلال المناقشة تبين للمحكمة أن القائمين بالضبط وتحديدًا ضباط شرطة قسم عابدين قد استقوا معلوماتهم عن طريق السمع، كما لم يتعرف أي من هؤلاء الضباط على أي متهم داخل قفص الاتهام.
وترافع محامو جبهة الدفاع عن متظاهري مصر، وقدموا مذكرات بدفاعهم ودفوعهم، والتي أكدت بطلان القبض والإجراءات، وتلفيق وشيوع الاتهام، كما دفعوا بعدم اختصاص المحكمة العسكرية بنظر تلك القضايا، وبجلسة الثلاثاء 23/8/2011 قررت المحكمة حجز القضايا للحكم، والتي صدر فيها الحكم ببراءة جميع المتهمين.
والمتهمون الذين صدرت لهم أحكام البراءة 699 جنايات شرق القاهرة هم: "أحمد زكي محمد عبد العال، باسم رضا راغب السيد، محمود عبد العزيز عامر عبد العزيز، حسين محمد أحمد رمضان، محمد عبد الحميد محمد عبد الحميد، وعلي أحمد ثابت". فيما تم الإفراج عن المتهمين في القضية رقم 700 جنايات شرق القاهرة، وهم: "محمد محمود عطا بكري، محمد رجب عبد العاطي عبد اللطيف، حسام الدين محمد عبد المنعم، هشام أحمد محمد حبيب، مصطفى محمد هاشم سعيد، محمد محمد نجيب حلمي، أحمد محمد محمد محمد أحمد، هشام عبد الله عطية، يحيى زكريا حسين ومصطفى السيد محمد أحمد ومحمد سليمان خلف مرسي. كما تم الإفراج عن المتهمين في القضية رقم 701 جنايات شرق القاهرة، وهم: "لؤي مصطفى محمد نجاتي ومحمد عبد المنعم حنفي ومصطفى طارق محمد صالح وأحمد عبد المقصود إبراهيم"، فضلاً عن الإفراج عن المتهمين في القضية رقم 704 جنايات شرق القاهرة، وهم: "إبراهيم محمود أحمد، ومصطفى حمادة عبد الواحد، وحسين مراد محمود، ومحمد عادل فتحي إبراهيم وصبري محمود محمد حسن، ونادر عصام علي عبد ربه، وأحمد محمد مولد جابر الفقي"