لم يخف ماكري قط عشقه لبوكا أو لكرة القدم بشكل عام والذي جعله يقف في وجه أبيه الإيطالي فرانكو ماكري، مؤسس إمبراطورية شركات "مجموعة ماكري" لأنه لم يكن يرغب في أن يتورط ابنه في عالم بالغ التعقيد مثل عالم كرة القدم في الأرجنتين. ومثلما كشف ماكري، المتزوج من سيدة الأعمال خوليانا عواضة وهي من أب لبناني مسلم وأم سورية، قبل سنوات فإن علاقته ببوكا تعود إلى عام 1991 عندما اختطفته مجموعة من رجال الشرطة السابقين لمدة 14 يوما في واقعة غيرت حياته. فاعترف الرئيس المنتخب: "أصبحت حرا أكثر من أي وقت مضى لأفعل أي شيء"، ومن هذه الأشياء أن يتولى رئاسة بوكا جونيورز لأن أحد خاطفيه كان مهووسا بهذا النادي وأمضى ماكري وقتا طويلا خلال مدة اختطافه يتحدث فيها عن بوكا وعن كرة القدم معه. وقال في هذا الصدد: "في تلك اللحظة أدركت أن كرة القدم وتحديدا عشق ناد بعينه يمكن أن يتجاوز أي حاجز". تولى ماكري رئاسة بوكا جونويرز عام 1995 وعلى مدار 12 عاما ظل فيها بالمنصب حصد الفريق 11 لقبا دوليا من إجمالي 17 لقبا، ليصبح أكثر رئيس حصد النادي أكبر عدد من الألقاب خلال فترة ولايته. دفعت هذه الألقاب والده إلى تغيير رأيه، ففي 2007 عندما كان ينافس ماوريسيو وهو أكبر أبنائه الخمسة على عمودية العاصمة الأرجنتينة، قام بامتداح إدارته لبوكا. وقال وقتها: "منذ عدة سنوات ميوله الشخصية لم تدفعه إلى عالم رجال الأعمال وإنما لرئاسة بوكا وخلال هذه السنوات ال11 أو ال12 ظل بوكا النادي الوحيد النشط اقتصاديا". وخلال ولاية ماوريسيو ماكري في رئاسة بوكا، فاز الفريق بكأس ليبرتادوريس أربع مرات (2000 و2001 و2003 و2007) ومرتين بكأس الإنتركونتننتال (2000 و2003) ومثلهما بكأس أندية أمريكا الجنوبية "كوباسودأمريكانا" (2004 و2005) وثلاث مرات ببطولة ريكوباسودأمريكانا (2005 و2006 و2008) وأربع مرات بمرحلة ذهاب الدوري المحلي "أبرتورا" (1998 و2000 و2003 و2005) ومرتين بمرحلة إياب الدوري (1999 و2006). وشهد عهد ماكري أيضا وجود العديد من نجوم الساحرة المستديرة بين صفوف بوكا أبرزهم دييجو أرماندو مارادونا وكلاوديو كانيجيا ومارتين باليرمو وخوان رامون ريكيلمي وكارلوس تيفيز. منذ توليه رئاسة بوكا، تعهد ماكري بالصعود بالنادي ليصبح بين "أكبر خمسة فرق في العالم" وهو ما حققه رغم البداية الصعبة مع مارادونا الذي كان قد أوشك على الاعتزال وخلافه مع المدرب وقتها كارلوس بيلاردو وهي الخلافات التي حاول ماكري حلها أكثر من مرة. وتوفق ماكري في التعاقد مع المدرب كارلوس بيانكي الذي تولى تدريب بوكا فترتين من 1998 إلى 2001 ومن 2003 إلى 2004، وحصد معه تسعة ألقاب وهي الدوري أربع مرات وثلاث مرات كأس ليبرتادوريس وكأس الإنتركونتيننتال مرتين. وخلال توليه رئاسة بوكا، برز مجهود ماكري في تحديث النادي وعلاقته بالمشجعين الذين قال عنهم ذات مرة عام 2007 "المشجعون ينتظرون النتائج فقط ولا يتقبلون أسبابا". وبعد ثماني سنوات من تركه رئاسة بوكا، اعترف ماكري على موقعه الإلكتروني بأهمية تلك الفترة في حياته قائلا "في أعماقي، فعل بوكا شيئا أكثر أهمية من الألقاب بالنسبة لي، فقد علمني دروسا في الحياة لا تزال توجه أفعالي". وتساءل: "لمن ينسب نجاح بوكا في هذه الفترة؟ لبيانكي؟ لباليرمو؟ لريكيلمي؟ للأخوين باروس سكيليتو؟ أم ينسب النجاح لإجماع كل هذه المواهب على تحقيق نفس الهدف؟". وأجاب: "أنا كنت جزءا من ذلك الفريق، دوري- وهو ما تعلمته أيضا- كان خلق الظروف التي تجعل هذه المواهب تظهر كل إمكانياتها". ويرى ماكري أن بوكا علمه انه "لا يوجد مستحيل"، وهو الدرس الذي لم ينساه خلال منافسته في انتخابات الرئاسة الأرجنتينية التي فاز بجولتها الثانية مرشحا عن تحالف "التغيير" المعارض ليخلف اعتبارا من العاشر من ديسمبر/كانون أول المقبل كريستينا فرناندث التي ظلت ثمانية أعوام على رأس السلطة في البلد اللاتيني.