أصدر الدكتور محمد فرغلى رئيس الاكاديمية العربية للعلوم و التكنولوجيا بيان رسمى يتهم فية كل رئيس قطاع النقل البحرى السابق اللواء توفيق أبو جندية, والدكتور أحمد سلطان مستشار وزير النقل – السابق والحالى – وبرعاية عمرو موسى الأمين العام السابق لجامعة الدول العربية بالتأمر ضدة لاقصاؤه من مكانه حيث أشار البيان الرسمى الى أنه بعد 13 يوما من تنحى الرئيس السابق، وبالتحديد يوم 24 فبراير الماضى, بدأ التخطيط والتدبير لإقصاء رئيس الأكاديمية عن منصبه ، ببلاغ للنائب العام المستشار الدكتور عبد المجيد محمود مقدم من وزير النقل المهندس عاطف عبد الحميد مصطفى وموقع باسمه يطالب فيها بالتحقيق فيما ورد من مخالفات إجرائية وقانونية – بحسب المذكرة – والتى تحمل شبهة الاستيلاء على المال العام فى مشروع تطوير وإعادة إحياء معهد وردان التابع للهيئة القومية لسكك حديد مصر، لكن التداعيات التى حدثت بسرعة فيما بعد كشفت حدود وأبعاد ما أطلق علية - الافتراءات موجهة للأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا والنقل البحرى ورئيسها الدكتور محمد فرغلى ، مشاركا فيها رئيس قطاع النقل البحرى السابق اللواء توفيق أبو جندية, والدكتور أحمد سلطان مستشار وزير النقل – السابق والحالى – وبرعاية السيد عمرو موسى الأمين العام السابق لجامعة الدول العربية و بخصوص منحة معهد وردان أوضح فرغلى أنه فى الثامن والعشرين من يونيو عام 2007 وفى مكتب وزير النقل تم توقيع مذكرة تفاهم بين الهيئة القومية لسكك حديد مصر والأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا والنقل البحرى – إحدى منظمات جامعة الدول العربية – وتحت إشراف وزارة النقل المصرية لتطوير معهد تدريب وردان للسكك الحديدية وتجهيزه للاستفادة به فى تنمية قدرات كوادر جديدة للهيئة وتشغيل المعهد بعد انتهاء أعمال التجهيزات ، ولأن الأكاديمية العربية تتمتع بخبرات وعلاقات محلية وإقليمية ودولية باعتبارها إحدى بيوت الخبرة العربية المتخصصة فى مجال النقل بصفة عامة, ووفقا لاتفاقية الأكاديمية – بحسب القرار الجمهورى رقم 63 الصادر عام 2004 – التى تنص على منحها الأفضلية فى مجال تخصصها فقد تم توقيع مذكرة التفاهم.. التى نصت على تعاقد الهيئة مع الأكاديمية فور انتهاء أعمال التجهيز لإدارة وتشغيل المعهد وإعداد البرامج المطلوبة ماديا وبشريا من خلال العلاقات الدولية للأكاديمية بالهيئات والمنظمات والشركات المتخصصة العاملة فى منظومة الإدارة والتطوير المحلية منها والأجنبية على أن يدار المعهد عبر كيانين رئيسيين: مجلس الإدارة ويجتمع مرة سنويا ويرأسه وزير النقل المصرى او من ينوب عنه، وعضوية رئيس الأكاديمية ورئيس الهيئة وممثلين عن الهيئة والأكاديمية وهو الكيان الذى يختص باعتماد الخطط والموازنات والاستراتيجيات الخاصة بالمعهد والكيان الآخر لجنة الإدارة وتجتمع مرة كل 6 أشهر برئاسة رئيس الأكاديمية أو من ينوب عنه وممثلين عن الهيئة والأكاديمية وهو الكيان المختص بتنفيذ الخطط والاستراتيجيات التى يقترحها مجلس الإدارة وبناء على مذكرة الاتفاق تقوم الأكاديمية بإمساك سجلات ودفاتر كاملة لكافة الأصول والمعدات والأجهزة الملحقة بالمعهد ، أما مدة عقد الإدارة والتشغيل فهى 25 عاما اعتبارا من تاريخ استلام الأكاديمية