أعلن محمد خليل ، المنسق الإعلامي السابق لمركز ابن خلدون ، عن استقالته على الهواء الأمر الذي تسبب في إحراج للدكتور سعد الدين ابراهيم الذي كان صرح أنه لم يستقيل أحد من المركز سواء داليا زيادة المدير التنفيذي السابقة للمركز .
وأضاف "خليل"، خلال مداخلة هاتفية ببرنامج "م الاخر" المذاع على فضائية "روتانا مصرية "، تقديم تامر امين ، أنه تقدم باستقالته بعد مواقف الدكتور سعد الدين ابراهيم الموالية للإخوان والداعمة لهذا التنظيم الإرهابي ، فرد عليه ضيف الحلقة الدكتور سعد الدين ابراهيم قائلا : "هل تقدمت باسقتالتك لي شخصيا وكفاية لعب بالالفاظ ودي اسمها استقالة شفاهية ".