بعد أن إستمر تحالفهم لأكثر من عامين ونصف وبالتحديد منذ سقوط نظام مبارك وبدء تعاون الإخوان المسلمين مع حزب النور ووقوفهم جنبا لجنب فى مواجهة العواصف ومعارضة التيارات المدنية ,إلا أن ملامح الإنهيار بدأت ترسم على شكل العلاقة بين حزب النور والحرية والعدالة مع توافق حزب النور مع جبهة الإنقاذ التى وافقت على مبادرة حزب النور "مبادرة لم الشمل" ,وكان الإنهيار التام مع إقالة مؤسسة الرئاسة للدكتور خالد علم الدين مستشار الرئيس لشئون البيئة وعضو حزب النور وهو ما إعتبره الحزب محاولة لإقصائه من الحياتة السياسية . حيث أكد الدكتور خالد علم الدين أن الرئاسة غدرت به ,وأنه لا يعلم رد فعل الشارع تجاه أفعال مؤسسة الرئاسة غير المحسوبة والتى تسعى لتحقيق مكاسب سياسية للإخوان المسلمين موضحا أن مؤسسة الرئاسة تسعى لإنهاء العلاقة بين حزب النور وحزب الحرية والعدالة .
وأضاف أن إتهامه بإستغلال منصبه ليس له أساس من الصحة مطالبا بالتحقيق معه من قبل النائب العام ومواجهته بأدلة تؤكد إستغلاله لمنصبه,وأوضح علم الدين أن الدوافع السياسية وراء إقالته هو أن الرئاسة لا تسعى للتوافق أو قبول وضع أجندة للحوار مع الأحزاب الأخرى ,وهو ما يؤكد أن مؤسسة الرئاسة وحزب الحرية والعدالة لا يلتزموا بالصدق والشفافية وأنهم على إستعداد للمغامرة بالوطن من أجل مصالحهم الشخصية .
وأكد علم الدين أن وقوفهم مع الإخوان فى السابق ليس تبعية لهم ولكن لأنهم كانوا مع الحق ,وأما الأن فالوضع مختلف وينطبق مع حديث الرسول "أنصر أخاك ظالما أو مظلوما" ونصرته وهو ظالم تعنى رده عن ما هو فيه من ظلم ,لذلك دعا علم الدين مؤسسة الرئاسة لقبول مبادرة حزب النور منعا لإراقة دماء الشباب وتشكيل حكومة وطنية إئتلافية تستطيع إدارة المرحلة القادمة.
وأشار باسم الزرقا مستشار الرئيس للشئون السياسية الذى قدم إستقالته اليوم أن كل ما يسعى إليه حزب النور هو "لم الشمل" من خلال قبول المبادرة موضحا أن المشكلة فى مصر ليست سياسية ,فهناك فقراء وعمال وأرزوقية لا يستطيعوا إيجاد قوت يومهم وليس لهم أى علاقة بالسياسة ,ولابد أن تنتبه الحكومة لهؤلاء بدلا من الصراعات السياسية. وأضاف أنه لابد من السعى لإصلاح الإقتصاد والبدء فى بناء دولة ديموقراطية فى مصر.
من جانبه اكد الدكتور نادر بكار المتحدث الإعلامى بإسم حزب النور أن تصرف الرئاسة مع المستشار خالد علم الدين تصرف مشين للغاية بدء من إقالته وإتهامه بإستغلال منصبه ,ومن بعدها التراجع عن الإعتذار له ونفى الإتهام من الأساس .
وأضاف أن مؤسسة الرئاسة والحزب الحاكم رفضت الإستفادة من خبرات المستشارين الدكتور خالد علم الدين والدكتور باسم الزرقا وتم التشاور داخل الحزب وبعدها قرر الدكتور باسم تقديم إستقالته ,كما أن علم الدين كان ينوى الإستقالة أيضا قبل إقالته من قبل مؤسسة الرئاسة.