كشفت التحقيقات الاولية لنيابة شبرا برئاسة تامر قناوي ، ان حريق مبني السكك الحديد به شبهة جنائية ، و ذلك بعدما استمعت النيابة الي اقوال عدد من شهود العيان الذين اكدوا انه اثناء مرورهم بالقرب من مكان الحادث شاهدوا اشخاص ملثمين يستقلون دراجات بخارية و يسارعون بالفرار اثناء اندلاع الحريق. كما استمعت النيابة الي اقوال سبعة من موظفى الأمن المكلفين بحماية مبنى السكك الحديدية، و الذين اكدوا عدم معرفتهم لاسباب الحريق او رؤيتهم للمتهمين في تلك الاحداث .
و امرت النيابة بتشكيل لجنة يتراسها نائب رئيس هيئة السكك الحديدية لحصر التلفيات في المبني و تقدير قيمتها ، كما أمرت النيابة بانتداب المعمل الجنائى، للوقوف على أسباب الحريق، وسرعة إجراء تحريات المباحث للوقوف على أسباب الحادث.
وكشفت معاينة النيابة أن الحريق أتى على عدد من المكاتب بالمبنى، وتبين أن أغلب المكاتب التى احترقت فى مبنى مجمع السكة الحديد هى المكاتب الخاصة بتخزين البضائع وإدارة التسويق، وبعض مكاتب الشؤون الإدارية الخاصة بالبضائع فى الدور الأرضى، بالإضافة إلى احتراق المكتبة الفنية لهيئة السكك الحديدية بالمبنى.