رفض زعيم تنظيم السلفية الجهادية، محمد الظواهرى، شقيق أيمن الظواهرى، زعيم تنظيم القاعدة، مشروع الدستور الجديد، وطرح حل للأزمة التى تمر بها البلاد، وهو إجراء استفتاء على نطاق المحافظات، بحيث تختار كل محافظة بحريتها بين الشريعة، والدستور، ومن ثم من أراد العيش من المواطنين فى المحافظات التى تطبق بها الشريعة فليذهب إليها، ومن أراد غير ذلك فليهاجر منها إلى المحافظة الأخرى. وأضاف الظواهرى فى بيان له بعنوان "الأضواء الجلية لما فى دستور الحكومة المصرية من أخطاء شرعية": "مع رفضنا التام لأن تكون السيادة للشعب يقرر ما يريد، فإننا نرى حل هذه المعضلة من خلال إجراء استفتاء فى المحافظات حول تطبيق الشريعة، وكل محافظة تريد تطبيق الشريعة فلتطبقها، ومن أراد الشريعة فليتجمع فى المحافظات التى تقيم الشريعة".
ورفض الظواهرى سيادة الشعب واصفا الديمقراطية بالكفر..حيث قال "إننا لا نقبل أن تكون السيادة للشعب، أو الديمقراطية لأنها كفر وشرك بالله، تناقض نظام الحكم الشرعى الذى فيه أنه لا تداول فى السلطة".
واختام الظواهرى بيانه، بأنهم لا يخشون الغرب، يقبلوا بالاستفتاء على أحكام الشريعة، ولن يسمحوا بإظهار شعائر أهل الذمة ولا بالمساواة بين المسلمين وغيرهم أو المرأة والرجل.