أوقعت قرعة كأس الأمم الأفريقية 2013 بجنوب أفريقيا مصر في مواجهة أمام أفريقيا الوسطى، فبعد الغياب المفاجئ لمنتخب مصر - ولأول مرة - عن كأس الأمم الأفريقية 2012 منذ انطلاقها لأول مرة عام 1957 والتي تقام فى عاصمة غينيا الاستوائية مالابو، أقيمت قرعة 2013 والتي تستضيفها جنوب أفريقيا، وهى البطولة التي كان من المقرر أن تقام بليبيا إلا أنه تم نقلها إلى جنوب أفريقيا على أن تنظم ليبيا بطولة 2017. يشارك في التصفيات 47 دولة بعد أن تأهلت جنوب أفريقيا مباشرة بوصفها الدولة المضيفة فتتبقى 46 دولة في التصفيات المؤهلة، من بينها الدول ال16 المتأهلة لبطولة أورانج كأس أفريقيا للأمم 2012 والتي تم تجنيبها الدورين الأولين من التصفيات وستدخل مباشرة للدور الأخير والذي يبدأ بعد نهاية بطولة أورانج كأس أفريقيا للأمم 2012، تدخل 30 دولة في التصفيات منذ المرحلة الأولى. فى الدور التمهيدي الأول: ستلتقي الفرق الأربع ذات التصنيف الأقل (سوازيلاند، ساو تومي، سيشيل وليسوتو) في مباراتي ذهاب وإياب لتتأهل منها دولتين للدور التمهيدي الثاني. وفى الدور التمهيدي الثاني: تتأهل دولتين من الدور التمهيدي الأول بالإضافة للفرق ال26 المتبقية لتشكل 28 فريقا تلتقي في مباراتي ذهاب وعودة ليتأهل منها 14 فريقا للدور الأخير. الدور الأخير: عقب نهاية بطولة أورانج كأس أفريقيا للأمم 2012 تنضم المنتخبات الستة عشرة المتأهلة لهذه البطولة إلى المنتخبات ال14 المتأهلة من الدور التمهيدي الثاني في مباراتين بطريقة الذهاب والإياب ليصعد منها 15 فريقا تنضم لجنوب أفريقيا المتأهلة مباشرة بوصفها الدولة المضيفة. ستقام مباريات الدور الأخير في سبتمبر وأكتوبر 2012، وقد أسفرت نتائج القرعة فى الدور التمهيدي الأول عن: سيشيل – سوازيلاند (الفائز 1 / 2) ساو تومي – ليسوتو (الفائز 3 / 4). والدور التمهيدي الثاني: إثيوبيا – بنين رواندا – نيجيريا الكونغو – أوغندا بوروندي – زيمبابوي الجزائر – جامبيا كينيا – توجو الفائز (3 / 4) – سيراليون غينيا بيساو – الكاميرون تشاد – مالاوي الفائز (1 / 2) – الكونغو الديمقراطية تنزانيا – موزمبيق أفريقيا الوسطى – مصر مدغشقر – الرأس الأخضر ليبيريا – ناميبيا. وستقام المباريات في النصف الأول من عام 2012 وسيتم تحديد المواعيد في وقت لاحق.